gmx order [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nr [<.ndx>]]
[-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-o [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-ob [<.pdb>]]
[-os [<.xvg>]] [-Sg [<.xvg>]] [-Sk [<.xvg>]] [-Sgsl [<.xvg>]]
[-Sksl [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[no]w] [-xvg ] [-d ] [-sl ] [-[no]szonly]
[-[no]unsat] [-[no]permolecule] [-[no]radial] [-[no]calcdist]
gmx orde用于计算C末端每个原子的序参量. 对原子i, 会使用连接i-1和i+1的向量与轴线. 索引文件中应只包含用于计算的组, 沿相应酰基链的等价碳原子应处于单独的组中. 索引文件不应包含通用组(如System, Protein), 以避免产生混乱(但这与四面体序参量无关, 它只适用于水).
gmx orde可以给出序张量的所有对角线元素, 还可以计算氘代的序参量Scd(默认). 如果使用了-szonly选项, 程序只会给出序张量的一个分量(由-d选项指定), 并计算每个切片的序参量. 如果不使用-szonly选项, 程序会给出序参量的所有对角线元素以及氘代的序参量.
可以确定一个原子周围的四面体序参量, 并计算键角和距离的序参量. 更多细节请参见 P.-L. Chau and A.J. Hardwick, Mol. Phys., 93, (1998), 511-518.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入 | 索引文件 |
-nr [<.ndx>] | index.ndx | 输入 | 索引文件 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-o [<.xvg>] | order.xvg | 输出 | xvgr/xmgr 文件 |
-od [<.xvg>] | deuter.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-ob [<.pdb>] | eiwit.pdb | 输出 | 蛋白质数据库文件 |
-os [<.xvg>] | sliced.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-Sg [<.xvg>] | sg-ang.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-Sk [<.xvg>] | sk-dist.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-Sgsl [<.xvg>] | sg-ang-slice.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-Sksl [<.xvg>] | sk-dist-slice.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出.xvg, .xpm, .eps and .pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-d <enum> | z | 膜的法线方向: z, x, y |
-sl <int> | 1 | 计算序参量与盒子长度的函数关系, 将盒子划分为指定数目的切片 |
-[no]szonly | no | 只给出序张量的Sz元素.(轴方向可用-d定义) |
-[no]unsat | no | 计算不饱和碳的序参量. 注意不能将它和常规序参量混合在一起. |
-[no]permolecule | no | 计算每个分子的Scd序参量 |
-[no]radial | no | 计算径向膜法线 |
-[no]calcdist | no | 计算到参考位置的距离 |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
如有侵权联系我，我将删除
本文目的只为宣传使用
