gmx nmtraj [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nice ] [-eignr ]
[-phases ] [-temp ] [-amplitude ]
[-nframes ]
gmx nmtraj根据特征向量产生虚拟的轨迹, 对应于围绕平均结构的简谐直角坐标振荡. 通常应使用质量加权的特征向量, 但你也可以使用非加权的特征向量来生成正交运动. 输出帧为一个覆盖整个周期的轨迹文件, 并且第一帧为平均结构. 如果你将轨迹输出(或转换)为PDB格式, 你可以直接在PyMol软件中观看, 还可以渲染生成逼真的动画. 假定能量均分到所有模式上, 运动振幅可以由特征值和预设温度计算. 为了在PyMol中清晰地显示运动, 你可以通过设定不现实的非常高的温度值来放大振幅. 然而, 要注意对大的振幅, 线性直角坐标位移与质量加权二者都可以导致严重的结构变形, 这只是直角简正模式模型的局限性. 默认选择的特征向量为7, 因为前六个简正模式对应于平动和转动自由度.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量: tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-v [<.trr/.cpt/...>] | eigenvec.trr | 输入 | 全精度轨迹: trr cpt trj tng |
-o [<.xtc/.trr/...>] | nmtraj.xtc | 输出 | 轨迹: xtc trr trj gro g96 pdb tng |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-eignr <string> | 7 | 使用的特征向量对应的字符(第一个为1) |
-phases <string> | 0.0 | 相位对应的字符(默认为0.0) |
-temp <real> | 300 | 温度 (K) |
-amplitude <real> | 0.25 | 本征值<=0的模式对应的幅度 |
-nframes <int> | 30 | 生成帧的数目 |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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