gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-of [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-os [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-nice ]
[-xvg ] [-[no]m] [-first ] [-last ]
[-maxspec ] [-T ] [-[no]constr] [-width ]
gmx nmeig用于计算(Hessian)矩阵的特征向量/特征值, 矩阵可由gmx mdrun计算. 特征向量会被写入一个轨迹文件(-v), 其中的第一个结构对应t=0时的结构. 特征向量作为帧写入文件, 其序号作为时间戳. 特征向量可利用gmx anaeig进行分析. 使用gmx nmens可以根据特征向量生成结构的系综. 当使用质量加权时, 输出之前产生的特征向量会缩放为普通的直角坐标. 在这种情况下, 对标准的直角坐标形式, 它们将不再精确地正交, 但在质量加权时应该正交.
通过-qcorr选项提供一个额外的参数文件, 此程序也可用于计算热容和焓的量子校正. 详细情况可以参考GROMACS手册的第一章. 结果包括在给定温度下减去简谐自由度. 总的校正值会显示在终端上. 得到校正结果的推荐方式如下:
gmx nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -first 7 -last 10000 -T 300 -qc [-constr]
如果在模拟中 对所有共价键 使用了键约束, 应该使用-constr选项. 否则, 需要自己分析quant_corr.xvg文件.
为了更加灵活, 计算量子校正时, 程序也可以考虑虚拟位点. 当选择-constr和-qc选项时, 会自动设置-begin和-end选项. 再次, 如果你认为自己知道怎样做更好, 请检查输出文件eigenfreq.xvg.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.mtx>] | hessian.mtx | 输入 | Hessian矩阵 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-of [<.xvg>] | eigenfreq.xvg | 输入 | xvgr/xmgr文件 |
-ol [<.xvg>] | eigenval.xvg | 输入 | xvgr/xmgr文件 |
-os [<.xvg>] | spectrum.xvg | 输入,可选 | xvgr/xmgr文件 |
-qc [<.xvg>] | quant_corr.xvg | 输入,可选 | xvgr/xmgr文件 |
-v [<.trr/.cpt/...>] | eigenvec.trr | 输入 | 全精度轨迹: trr cpt trj tng |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]m | yes | 对角化之前, 将Hessian矩阵的元素除上所有涉及原子sqrt(mass)的乘积.
'简正'分析应使用此方法. |
-first <int> | 1 | 写入的第一个特征向量 |
-last <int> | 50 | 写入的最后一个特征向量 |
-maxspec <int> | 4000 | 谱图中考虑的最高频率(1/cm) |
-T <real> | 298.15 | 当使用简正模式计算校正经典模拟结果时, 计算量子热容和焓的温度 |
-[no]constr | no | 如果模拟中使用了约束而简正分析中不使用(这是推荐办法),
计算量子校正时你需要设置此选项 |
-width <real> | 1 | 当生成谱图时, 高斯峰的宽度(σ)(1/cm) |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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