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gromacs命令-gmx chi: 计算chi和其他二面角的所有信息(翻译: 黄炎)
gmx chi [-s [<.gro/.g96/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-o [<.xvg>]]
[-p [<.pdb>]] [-ss [<.dat>]] [-jc [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-g [<.log>]] [-ot [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]] [-rt [<.xvg>]]
[-cp [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[no]w] [-xvg ] [-r0 ] [-[no]phi] [-[no]psi] [-[no]omega]
[-[no]rama] [-[no]viol] [-[no]periodic] [-[no]all] [-[no]rad]
[-[no]shift] [-binwidth ] [-core_rotamer ]
[-maxchi ] [-[no]normhisto] [-[no]ramomega] [-bfact ]
[-[no]chi_prod] [-[no]HChi] [-bmax ] [-acflen ]
[-[no]normalize] [-P ] [-fitfn ] [-beginfit ]
[-endfit ] gmx chi用于计算所有氨基酸骨架和侧链的φ, ψ, ω以及χ二面角. 它也可以计算二面角与时间的函数关系, 以及二面角的直方图分布. 分布(histo-(dihedral) (RESIDUE).xvg)会对每一类型的所有残基进行累计.
如果使用-corr选项, 程序会计算二面角的自相关函数 C(t) = <cos(χ(τ)) cos(χ(τ+t))>. 之所以使用余弦而不是角度自身, 是为了解决周期性的问题(Van der Spoel & Berendsen (1997), Biophys. J. 72, 2032-2041). 程序会将每个残基的每个二面角输出到单独的文件(corr(dihedral) (RESIDUE) (nresnr).xvg)中, 同时还会输出一个包含所有残基信息的文件(-corr选项). 使用-all选项, 程序会将每个残基的角度与时间的函数关系输出到独立的文件(dihedral) (RESIDUE) (nresnr).xvg中. 所用的单位可以是弧度或度. 程序还会输出一个日志文件(-g选项), 其中包含: (a) 每种类型残基的数目信息. (b) 由Karplus方程得到的NMR 3J 偶合常数. (c) 一个表格, 其中包含每个残基的旋转异构体每纳秒内的转变次数, 以及每个二面角的序参数S^2. (d) 一个表格, 其中包含每个残基旋转异构体的占据率.
所有的旋转异构体的多重度都视为3, 除平面基团的ω和χ二面角(如芳香化合物, Asp和Asn的χ_2; Glu和Gln的χ_3; 以及Arg的χ_4)外, 它们的多重度为2. “rotamer 0”表示二面角不处于每个旋转异构体的核心区域. 核心区域的宽度可使用-core_rotamer设置. S^2序参数也会输出到一个.xvg文件(由-o选项指定), 作为可选项, 可将S^2的值作为B因子输出到一个.pdb文件中(由-p选项指定). 每个时间步旋转异构体转变的总数(-ot选项), 每个旋转异构体的转变数(-rt选项)和3J 偶合(-jc选项)也可以写入到.xvg文件中. 注意, 在分析旋转异构体转变时, 假定所提供的轨迹帧之间的时间间隔是相等的. 如果设置了-chi_prod选项(并且-maxchi > 0), 会计算累积旋转异构体, 如1+9(χ_1-1)3(χ_2-1)+(χ_3-1)(如果残基具有三个3重二面角, 并且-maxchi >= 3). 如前所述, 任何二面角如果不处于核心区域内, 旋转异构体取为0. 这些累积旋转异构体的占据率(由旋转异构体0开始)会写入由-cp选项指定的文件中, 如果使用-all选项, 旋转异构体作为时间的函数会写入chiproduct (RESIDUE) (nresnr).xvg文件中, 其占据率会写入histo-chiproduct (RESIDUE) (nresnr).xvg文件. 选项-r可生成作为φ和ψ角函数的平均ω角的等值线图, 也就是使用颜色编码的平均ω角的Ramachandran图. 输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
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-s [<.gro/.g96/...>] | conf.gro | 输入 | 结构文件: gro g96 pdb brk ent esp tpr tpb tpa | -f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng | -o [<.xvg>] | order.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 | -p [<.pdb>] | order.pdb | 输出, 可选 | PDB文件 | -ss [<.dat>] | ssdump.dat | 输入, 可选 | 通用数据文件 | -jc [<.xvg>] | Jcoupling.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 | -corr [<.xvg>] | dihcorr.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -g [<.log>] | chi.log | 输出 | 日志文件 | -ot [<.xvg>] | dihtrans.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -oh [<.xvg>] | trhisto.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -rt [<.xvg>] | restrans.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -cp [<.xvg>] | chiprodhisto.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | 控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 19 | 设置优先级 | -b <time> | 0 | 从轨迹读取的第一帧(ps) | -e <time> | 0 | 从轨迹读取最后一帧(ps) | -dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 | -[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 | -xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none | -r0 <int> | 1 | 起始残基 | -[no]phi | no | 输出φ二面角 | -[no]psi | no | 输出ψ二面角 | -[no]omega | no | 输出ω二面角(肽键) | -[no]rama | no | 生成φ/ψ和χ_1/χ_2的Ramachandran图 | -[no]viol | no | 输出一个文件, 对违背Ramachandran规则的角使用0或1 | -[no]periodic | yes | 输出二面角与360度的模 | -[no]all | no | 对每个二面角使用独立的输出文件 | -[no]rad | no | 在角度与时间关系的文件中, 使用弧度而不是角度 | -[no]shift | no | 根据φ/ψ角度计算化学位移 | -binwidth <int> | 1 | 直方图的分格宽度(单位: 度) | -core_rotamer <real> | 0.5 | 只输出中心-core_rotamer*(360/multiplicity)属于每个旋转异构体的值(其余的赋给rotamer 0) | -maxchi <enum> | 0 | 计算前几个χ二面角: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6 | -[no]normhisto | yes | 直方图归一化 | -[no]ramomega | no | 计算omega角度的平均值与φ/ψ的函数关系, 并输出到.xpm文件 | -bfact <real> | -1 | 对没有计算二面角序参数的原子, .pdb文件中的B因子值 | -[no]chi_prod | no | 计算每个残基的单个累积旋转异构体 | -[no]HChi | no | 包含到支链氢原子的二面角 | -bmax <real> | 0 | 对统计时所考虑的二面角, 组成二面角的任何原子的最大B因子.
当进行射线结构分析X时作为基础数据. -bmax <= 0意味着没有限制. | -acflen <int> | -1 | ACF的长度, 默认为帧数的一半. | -[no]normalize | yes | 归一化ACF | -P <enum> | 0 | ACF Legendre多项式的阶数(0表示不使用): 0, 1, 2, 3 | -fitfn <enum> | none | 拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erffit | -beginfit <real> | 0 | 对相关函数进行指数拟合的起始时间 | -endfit <real> | -1 | 对相关函数进行指数拟合的终止时间, -1表示直到最终 | 已知问题产生 非常非常多 的输出文件(数目最多约为蛋白质残基数目的4倍, 如果计算自相关函数会再增加两倍). 通常会有几百个输出文件. 使用非标准方式计算φ和ψ二面角, 使用H-N-CA-C计算φ, 而不是使用C(-)-N-CA-C, 使用N-CA-C-O计算ψ, 而不是使用N-CA-C-N(+). 这将导致计算结果与其他工具, 如gmx rama的计算结果不符(通常很小). -r0选项不能正常工作.
二重旋转异构体会写入chi.log, 如三重一样, 只不过第三个(g(+))的概率总为0.
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin 如有侵权联系我，我将删除 本文目的只为宣传使用
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