gmx check [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]]
[-s1 [<.tpr/.tpb/...>]] [-s2 [<.tpr/.tpb/...>]]
[-c [<.tpr/.tpb/...>]] [-e [<.edr>]] [-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]]
[-m [<.tex>]] [-nice ] [-vdwfac ] [-bonlo ]
[-bonhi ] [-[no]rmsd] [-tol ] [-abstol ]
[-[no]ab] [-lastener ]
gmx check读取一个轨迹文件(.trj, .trr或.xtc), 一个能量文件(.ene或.edr), 或一个索引文件(.ndx), 并输出与其相关的有用信息.
如果指定了-c选项, 程序就会检查文件中是否包含了坐标, 速度和盒子大小. 如果存在坐标, 程序进而会检查原子是不是有近距离的接触(距离小于-vdwfac, 而且没有键相连, 即距离不在-bonlo和-bonhi之间. 注意这几个选项指定的都是与两个原子范德华半径之和的比例). 程序还会检查处于盒子外面的原子(这是经常发生的事情, 并不是什么问题). 如果文件中含有速度, 程序就会根据温度估算出温度.
如果指定了一个索引文件, 程序会对索引文件中的所有索引进行处理, 并给出一个总结.
如果同时给定了轨迹文件和.tpr文件(使用-s1选项), 程序就会检查.tpr文件中定义的键长在轨迹中是否正确. 如果不正确, 那么轨迹文件和.tpr文件可能不匹配, 原因可能出于原子重组或虚拟位点的问题. 所以, 通过这些选项, 你可以快速检查这些问题.
当同时指定-s1和-s2时, 程序还可以对比两个输入文件(.tpr, .tpb或.tpa). 类似的, 程序也可以对比两个轨迹文件(使用-f2选项), 或对比两个能量文件(使用-e2选项).
对于自由能计算, 来自同一运行输入文件A和B两种状态的拓扑, 可以通过-s1和-ab选项进行比较.
指定了-m选项后, 程序会输出一个LaTeX文件, 其中包含了可用于论文方法部分的粗略提纲.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入, 可选 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-f2 [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入, 可选 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s1 [<.tpr/.tpb/...>] | top1.tpr | 输入, 可选 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-s2 [<.tpr/.tpb/...>] | top2.tpr | 输入, 可选 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-c [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入, 可选 | 结构+质量文件(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-e [<.edr>] | ener.edr | 输入, 可选 | 能量文件 |
-e2 [<.edr>] | ener2.edr | 输入, 可选 | 能量文件 |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-m [<.tex>] | doc.tex | 输出, 可选 | LaTeX文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-vdwfac <real> | 0.8 | 原子之间的最小距离, 使用与两个原子范德华半径之和的比例来指定. 超过此值时会给出警告. |
-bonlo <real> | 0.4 | 成键原子之间的最小距离, 使用与两个原子范德华半径之和的比例来指定 |
-bonhi <real> | 0.7 | 成键原子之间的最大距离, 使用与两个原子范德华半径之和的比例来指定 |
-[no]rmsd | no | 输出坐标, 速度和力的均方根偏差 |
-tol <real> | 0.001 | 相对容许误差 2∗(a−b)/(|a|+|b|). 用于判断两个实数是否一致 |
-abstol <real> | 0.001 | 绝对容许误差. 当两个数绝对值之和接近为0时有用 |
-[no]ab | no | 比较同一个文件中的A和B状态的拓扑 |
-lastener <string> | 指定检查的最后一个能量项(若未给出则测试所有项), 不检查在此之后的所有能量项.
比如可以只检查Pressure以及之前的能量项.
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文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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