gmx analyze [-f [<.xvg>]] [-ac [<.xvg>]] [-msd [<.xvg>]] [-cc [<.xvg>]]
[-dist [<.xvg>]] [-av [<.xvg>]] [-ee [<.xvg>]] [-bal [<.xvg>]]
[-g [<.log>]] [-nice ] [-[no]w] [-xvg ] [-[no]time]
[-b ] [-e ] [-n ] [-[no]d] [-bw ]
[-errbar ] [-[no]integrate] [-aver_start ] [-[no]xydy] [-[no]regression] [-[no]luzar] [-temp ]
[-fitstart ] [-fitend ] [-smooth ]
[-filter ] [-[no]power] [-[no]subav] [-[no]oneacf]
[-acflen ] [-[no]normalize] [-P ] [-fitfn ]
[-beginfit ] [-endfit ]
gmx analyze可以读取一个ASCII文本文件并对其中的数据集进行分析. 输入文件中每行的第一个数据可以为时间(见-time选项), 后面跟着任意数目的y值. 程序也可以读入多个数据集, 各个数据集之间以&分割(-n选项). 在这种情况下, 对每一行, 程序只会读入一个y值. 程序会忽略所有以#和@开始的行. 所有的分析方法都可用于数据集的导数(-d选项).
除-av和-power外, 所有选项都假定数据点之间的时间间隔是相等的.
gmx analyze总会给出各数据集的平均值和标准偏差, 以及来自具有相同标准偏差的高斯分布的三阶和四阶累积量的相对偏差.
选项-ac计算自相关函数. 请确保数据点之间的时间间隔远远小于自相关的时间尺度.
选项-cc给出数据集 i 与周期为 i/2的余弦函数的相似性, 公式为:
这可用于由协方差分析得到的主成分, 因为随机扩散的主成分是单纯的余弦.
选项-msd计算均方位移.
选项-dist计算分布图.
选项-av计算数据集的平均值. 可以使用-errbar选项得到平均值的误差. 误差可代表标准偏差, 误差(假定点是独立的), 或通过弃去顶部和底部5%的点而包含90%的点的区间.
选项-ee使用块平均估计误差. 数据集被分成几块, 并计算每块的平均值. 总平均值的误差由 mBi
程序会给出误差随块数的变化关系. 假定自相关是两个指数函数的加和, 程序还会给出解析的块平均值曲线. 块平均值的解析曲线为:
选项-bal通过多指数拟合发现并减去来自于氢键自相关函数的超快”弹道”分量, 具体请参考O. Markovitch, J. Chem. Phys. 129:084505, 2008. 最快项对应于具有最大负系数的指数项. 或者使用-d选项时, 最快项对应于0时刻具有最负的时间导数的项. -nbalexp设定用于拟合的指数函数的数目.
选项-gem根据可逆成对重组模型拟合氢键自相关函数的双分子速率常数ka和kb(以及可选的kD). 强烈建议先去除弹道分量. 模型的细节见O. Markovitch, J. Chem. Phys. 129:084505, 2008.
选项-g使用选项-fitfn给出的函数对数据进行拟合.
选项-luzar对gmx hbond的输出进行Luzar-Chandler动力学分析. 输入文件可直接来自gmx hbond -ac, 并应得到相同的结果.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xvg>] | graph.xvg | 输入 | xvgr/xmgr文件 |
-ac [<.xvg>] | autocorr.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-msd [<.xvg>] | msd.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-cc [<.xvg>] | coscont.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-dist [<.xvg>] | distr.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-av [<.xvg>] | average.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-ee [<.xvg>] | errest.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-bal [<.xvg>] | ballisitc.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-g [<.log>] | fitlog.log | 输出, 可选 | 日志文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]time | yes | 预计输入含有时间 |
-b <real> | -1 | 读取数据集的起始时间 |
-e <real> | -1 | 读取数据集的终止时间 |
-n <int> | 1 | 读取指定数目, 彼此间以&分开的数据集 |
-[no]d | no | 使用导数 |
-bw <real> | 0.1 | 分布的分格宽度 |
-errbar <enum> | none | -av的误差: none, stddev, error, 90 |
-[no]integrate | no | 使用梯形规则对数据函数进行数值积分 |
-aver_start <real> | 0 | 由此开始对积分进行平均 |
-[no]xydy | no | 积分时将第二个数据集作为y值的误差 |
-[no]regression | no | 对数据进行线性回归分析.
如果设定了-xydy选项, 第二个数据集将被视为Y值的误差.
否则, 如果存在多个数据集, 将会进行多元线性回归,
计算能使χ^2^ = (y - A_0 x_0 - A_1 x_1 - ... - A_N x_N)^2^取最小值的常数A,
其中Y为输入文件中的第一个数据集而x_i为其他数据集. 请阅读-time选项的信息. |
-[no]luzar | no | 对相关函数进行Luzar-Chandler分析, 并与gmx hbond的结果进行关联.
当同时也给出-xydy选项时, 第二列和第四列将被视为c(t)和n(t)的误差. |
-temp <real> | 298.15 | 进行Luzar氢键动力学分析时的温度(K) |
-fitstart <real> | 1 | 为获得HB断裂和形成的前向和后向速度常数, 对相关函数进行拟合的起始时间(ps) |
-fitend <real> | 60 | 为获得HB断裂和形成的前向和后向速度常数, 对相关函数进行拟合的终止时间(ps).
只能与-gem一起使用. |
-smooth <real> | -1 | 如果此值>=0, 通过拟合为指数函数 y=A exp(-x/τ) 对ACF的尾部进行平滑 |
-filter <real> | 0 | 使用此长度的余弦滤波器滤波后打印高频涨落 |
-[no]power | no | 将数据拟合为 bta |
-[no]subav | yes | 计算自相关前减去平均值 |
-[no]oneacf | no | 对所有数据集计算一个ACF |
-acflen <int> | -1 | ACF的长度, 默认为帧数的一半 |
-[no]normalize | yes | 归一化ACF |
-P <enum> | 0 | ACF Legendre多项式的阶数(0表示不使用): 0, 1, 2, 3 |
-fitfn <enum> | none | 拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erfit |
-beginfit <real> | 0 | 对相关函数进行指数拟合的起始时间 |
-endfit <real> | -1 | 对相关函数进行指数拟合的终止时间, -1表示直到最后
|
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
如有侵权联系我，我将删除
本文目的只为宣传使用
