信息这个例子可以在存储库文件夹的examples/Comp_receptor目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test,请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶危险配体 mol2 文件必须是 Antechamber 输出。在这种情况下,gmx_MMPBSA需要:需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD