|
GROMACS建立楼梯结构#!/bin/bash cp ala.pdb 1.pdb #把bash脚本放到新文件夹中处理，不要放到一起处理 gmx editconf -f 1.pdb -o edx1.pdb -center 0 0 0 -rotate 90 0 0 rm -r 1.pdb ##导入文件DOPE需要去除顶部不要的参数，底部需要保留一个空行 sed -i '1,2d' edx1.pdb #删除头2行 sed -i '$d' edx1.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edx1.pdb #删除最后1行 ###做文件向x轴平移；i+1为设定个数 for ((i=1;i <=4;i++)) #x轴生成5个 do let in=$i; let out=$i+1; gmx editconf -f edx$in.pdb -o edx$out.pdb -translate 0 0.5 0 #每个之间X距离为1
sed -i '1,2d' edx$out.pdb #删除头2行
sed -i '$d' edx$out.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edx$out.pdb #删除最后1行 done cat edx*.pdb > edy1.pdb gmx editconf -f edy1.pdb -o edy2.pdb -center 0 0 0 gmx editconf -f edy2.pdb -o edy3.pdb -rotate 180 0 0 gmx editconf -f edy3.pdb -o edy4.pdb -translate 0 0 -3.6 sed -i '1,2d' edy2.pdb edy4.pdb sed -i '$d' edy2.pdb edy4.pdb sed -i '$d' edy2.pdb edy4.pdb cat edy2.pdb edy4.pdb > edz1.pdb for ((i=1;i <=19;i++)) #x轴生成5个 do let in=$i; let out=$i+1; gmx editconf -f edz$in.pdb -o edz$out.pdb -translate 0.5 0 0 -rotate 20 0 0 #每个之间X距离为1
sed -i '1,2d' edz$out.pdb #删除头2行
sed -i '$d' edz$out.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edz$out.pdb #删除最后1行 done cat edz*.pdb > mem1-rotate.pdb ##合并成膜 rm -r edx*.pdb rm -r edy*.pdb rm -r edz*.pdb
|
