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蛋白质-蛋白质结合自由能计算

建议检查这些变量，即使是未包含在此输入文件中但可用于执行计算的变量，并查看它们可以采用的值。这将使您能够解决许多潜在的问题，或者在您的计算中简单地使用更高级的近似值。'-eo' 标志中的文件名将强制以 [.csv] 结尾。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。请查看gmx_MMPBSA_ana部分以获取更多信息
解决Ubuntu虚拟机下mnt/hgfs下没有共享文件夹的问题

sudo vmhgfs-fuse .host:/ /mnt/hgfs -o allow_other
gmx_mmpbsa例子

在这里，您可以找到可以使用执行的几乎所有类型的计算和分析的表示gmx_MMPBSA。虽然每个示例都侧重于特定情况，但您可以gmx_MMPBSA在结合了许多不同组件（即金属蛋白-配体复合物、蛋白质-DNA-配体等）的系统上使用。此外，还可以在特定系统的同一运行中执行几种类型的计算（例如GB、丙氨酸扫描和逐残基分解；PB、相互作用熵和逐位分解）。系统¶这是可以使用 gmx_MMPBSA 处理和分析的系统的表示。我们的程序有一个强大的方法来处理输入结构。即使您的系统未在此处展示，也请尝试一下，您不会失望的！😀蛋白质-蛋白质123蛋白质
Ubuntu终端前面的(base)消失导致无法启动conda环境

很久不用Ubuntu会导致终端下conda环境的消失，condaactivate等命令提示不能用等，此时需要激活一下conda
gmx_MMPBSA 的工作原理

gmx_MMPBSA 是一个基于 AMBER 的 MMPBSA.py 的新工具，旨在使用 GROMACS 文件执行终态自由能计算。GROMACS 用户使用MMPBSA.py需要付出巨大的努力才能成功完成该过程。gmx_MMPBSA 一般工作流程gmx_MMPBSA 功能可分为 3 个部分，如图 1 所示。最后，在最后一步Analysis中，可以使用图形用户界面分析结果gmx_MMPBSA_ana。gmx_MMPBSA一般工作流程所需的输入文件目前，gmx_MMPBSA支持两个系列的力场：Amber 和 CHARMM。
如何安装anaconda

官网下载anacondash Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh #执行安装文件, 开始安装，以实际下载文件名为主按Enter键输入yesgedit~/.bashrc在末尾加export PATH=$PATH:/home/root/anaconda3/bin ##以实
CHARMM力场MMPBSA计算

在本例中，需要的文件有MD结构+质量文件，即.tpr文件；一个ndx文件；一个.xtc文件；一个top文件；还有一个后缀名为in的输入文件。构建.ndx这一步使用gmx生成配体和受体的ndx，需要复合物的.gro文件，通过选择原子编号来确定两个部分。
解决Ubuntu make 命令 sudo: make: command not found

方法一：sudo apt-get install gcc automake autoconf libtool make -y

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