其他未分类_专栏博客_分子模拟小破屋

首页 >> 专栏博客 >>其他未分类

专栏博客

新余壮古

其他未分类

使用 CHARMMff 文件嵌入膜结合自由能计算（单轨迹法）的蛋白质配体

如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。可以使用控制介电常数emem。膜区域的中心由控制，mctrdz在这种情况下，膜区域将以距蛋白质中心 37 为中心。发现此设置与显式溶剂 MD 模拟一致。
gromacs文件中关于top的解读

解读视频链接：终于有时间可以聊点正事~gromacs中的top解读_哔哩哔哩_bilibili; 后面是解读信息# 后面才是重要的输入文件; Include forcefield parameters 告诉你这个下面要输入力场参数，用include itp文件路径进去#include oplsaa.ff/forcefield.itp 这个是参考格式，表示添加oplsaa.ff目录中的forcefield.itp文件[ moleculetype ] 表示分子类型Protein_chain_A 分子类型的名字nrexcl 多少个原子之内不计算非键相互作用[ atoms ] 原子名称nr 原子序号type 原子类型resnr 残基序号
使用 CHARMMff 文件计算蛋白质-配体结合自由能（单轨迹法）

如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。将保存包含所有统计信息的纯文本输出文件和包含每个计算中每个帧的所有能量项的 CSV 格式输出文件。'-eo' 标志中的文件名将强制以 [.csv] 结尾。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。
pdb格式解读

PDB文件本质是一种ASCII码文件，可以用普通的文本编辑器编辑，也可以用专业软件编辑。不过要展示该文件所表示的蛋白质三维空间结构则需要借助相关软件，如winCoot、Moe等。
SARS-CoV-2 受体结合域 (RBD)：CR3022 抗体复合物结合自由能计算（单轨迹法）与 CHARMMff 文件

信息该示例可在存储库文件夹中的examples/COVID-19_related_proteins/S1_RBD_with_antibody_6zlr目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA Github 存储库下载特定文件夹。要求¶在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD 轨迹，已拟合且没有 pbc。拓扑文件top考虑到属于拓
MS脚本-调节分子筛硅铝比的脚本

$atom scalar @shuffledOriginalAtoms 0) { my $index = int rand; $atom = $shuffledOriginalAtoms[$index]; # Check we haven't already changed it and it satisfies Lowenstein rule if { splice @shuffledOriginalAtoms, $index, 1; $atom = undef; } elsif { if (!$atom) { print Unable to satisfy Lowenstein's rule\\n; # Count the number
SARS-CoV-2 刺突受体结合域与高亲和力 ACE2 突变体 3N39 结合自由能计算（单轨迹法）与 CHARMMff 文件复合

如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA Github 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。
GROMACS建立螺旋扭转带状结构

#!

共有8页首页上一页 123 4 5 6 7 8 下一页尾页

电话直呼