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生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem

生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem文/Sobereva@北京科音First release: 2014-Jul-23 Last update: 2021-Nov-141 前言构建磷脂膜的程序和办法不少，比如CHARMM-GUI、Packmol等等，但都有这样或那样的缺点。为了能灵活、方便、快速地构建磷脂双分子膜，笔者专门开发了这个genmixmem程序。genmixmem已经可以完全取代genmem的功能。genmixmem并不会像Packmol那样利用优化算法来让磷脂分子刚性地旋转以避免过近的接触。
多组分系统中的结合自由能计算

信息这个例子可以在存储库文件夹的examples/Comp_receptor目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶危险配体 mol2 文件必须是 Antechamber 输出。在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD
GROMACS建立螺旋膜结构

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金属蛋白-肽结合自由能计算

这将使您能够解决许多潜在的问题，或者在您的计算中简单地使用更高级的近似值。注意事项在这种情况下，遵循单一轨迹近似，这意味着受体和配体琥珀格式拓扑结构和轨迹将从复合物中获得。在这种情况下，在使用 igb2 模型和盐浓度 = 0.15M 执行 MM/PBSA 计算时将使用 4 个帧。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。
GROMACS建立楼梯结构

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含膜蛋白的 MMPBSA

信息这个例子可以在存储库文件夹的examples/Protein_membrane目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶危险配体 mol2 文件必须是 Antechamber 输出。在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS
GROMACS建立螺旋棒状结构

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蛋白聚糖结合自由能计算

信息该示例可以在存储库文件夹中的examples/Protein_glycan目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD 轨迹，已拟合且没有 pbc。拓扑文件（不包括在

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