专栏博客
  • fatal error: error writing to /tmp/cc1ezU8m.s: No space left on device

    错误提示为:tmp路径下内存不足(fatal error: error writing to /tmp/cc1ezU8m.s: No space left on device)解决方法:解挂tmp(也有说需要清空该路径下内存和扩大内存的:https://www.cfd-online.com/Foru

  • gmx_MMPBSA软件安装

    除此,gmx_MMPBSA程序还要求安装好AmberTools20或21以及Python3。编译安装AmberTools是个耗时费力的工程。这里提供一个简单的安装方法:使用Anaconda联网安装。尚未安装的读者,请自行百度查询。

  • 虚拟机gromacs安装出现问题

    )由于gromacs不必要过高版本的gcc,故不再赘述。此处/usr/local/gromacs/bin/GMXRC路径是因为我们安装gromacs时没有指定安装路径,系统默认可执行文件放在/usr/local/bin当中。

  • cp2k软件介绍

    概况CP2K是运行最快的开源第一性原理材料计算和模拟软件, 可研究上千个原子的大体系, 广泛用于固体、液体、分子、周期、材料、晶体和生物系统的模拟. 它是由马克斯-普朗克研究中心早在2000 年发起的一项用于固体物理研究的项目, 全部代码使用Fortran 2003 写成. 现在它已转由苏黎世联邦理工学院(ETH Zurich)和苏黎世大学(Univ. Zurich)维护, 成为一个开源的项目, 遵从GPL协议, 用户可以从其官方网站(www.cp2k.org)下载到源代码.主要功能CP2K的功能很多, 其输入文件的结构也比Gaussian或者VASP等常见的计算化学软件更加复杂. 这里,首先给

  • Failed to find "GL/gl.h" in "/usr/include/libdrm"

    使用cmake构建项目时报错,网上查询了一下发现时未安装opengl,于是安装便是了sudo apt install mesa-common-dev问题解决

  • diamond软件介绍

    Diamond函数列表32位Windows应用程序有多文档界面、面向对象的菜单、工具栏和本地弹出菜单。允许“simultaneous”多重结构的处理。输入和输出:3 / 4Diamond专有二进制文件格式: ●同时支持晶体和分子结构。“Building schemes”自动创建图片或根据用户定义的策略。

  • Could not find OpenSSL. Install an OpenSSL development package

    原因分析:未安装相应包解决:安装对应包libssl-devsudo apt-get install libssl-dev如果存在版本问题,则一路安装,知道最终问题原因找到例如,报错libssl-dev : 依赖: libssl1.0.0 (= 1.0.2g-1ubuntu4.20) 但是 1.0.2

  • amber软件介绍

    与CHARMM不同,Amber不是一个all-in-one的分子动力学软件,而是由多个各司其职的组分所构成的工具集,除了高性能动力学引擎外的其他组分统称AmberTools,可以免费使用,包含动力学引擎的发布版本则须购买授权。用户可以使用AmberTools中的CHAMBER工具将CHARMM力场文件转换成Abmer格式以在Amber中使用。

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