蛋白聚糖结合自由能计算

信息

该示例可以在存储库文件夹中的examples/Protein_glycan目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。

要求¶

在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：

需要输入文件	类型	描述
输入参数文件	`in`	输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范
MD 结构 + 质量 (db) 文件	`tpr` `pdb`	包含系统坐标的结构文件
索引文件	`ndx`	包含分开组中的受体和配体的文件
受体和配体组	`integers`	索引文件中的受体和配体组编号
轨迹文件	`xtc` `pdb` `trr`	最终的 GROMACS MD 轨迹，已拟合且没有 pbc。
拓扑文件（不包括在内）	`top`	GROMACS 拓扑文件（拓扑`* .itp`中定义的文件必须在同一文件夹中
参考结构文件	`pdb`	具有所需链 ID 和残基编号分配的复杂参考结构文件（不含氢）

-> 必须定义 ---> 可选，但推荐 --> 可选

在此处查看gmx_MMPBSA 命令行中所有标志的详细列表

命令行¶

也就是说，一旦进入包含所有文件的文件夹，命令行将如下所示：

连续剧与MPIgmx_MMPBSA_test

gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 26 -ct com_traj.xtc -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv

其中mmpbsa.in输入文件是包含以下行的文本文件：

用于 GB 计算的示例输入文件
Sample input file for GB calculationThis input file is meant to show only that gmx_MMPBSA works. Althought,we tried to used the input files as recommended in the Amber manual,some parameters have been changed to perform more expensive calculationsin a reasonable amount of time. Feel free to change the parameters according to what is better for your system.&generalsys_name="Protein-glycan",startframe=5,endframe=14,forcefields="oldff/leaprc.ff99SB,gmxMMPBSA/leaprc.GLYCAM_06h-1"/&gbigb=5, saltcon=0.150,/

记住

请在此处查看gmx_MMPBSA输入文件中所有选项的详细列表以及几个示例。这些示例仅用于说明 gmx_MMPBSA 有效。建议检查这些变量，即使是未包含在此输入文件中但可用于执行计算的变量，并查看它们可以采用的值（检查输入文件部分）。这将使您能够解决许多潜在的问题，或者在您的计算中简单地使用更高级的近似值。

注意事项¶

在这种情况下，遵循单一轨迹 (ST) 近似，这意味着受体和聚糖结构和轨迹将从复合物的结构和轨迹中获得。为此，需要一个 MD Structure+mass(db) 文件 ( com.tpr)、一个索引文件 ( index.ndx)、一个轨迹文件 ( com_traj.xtc) 以及索引文件 ( ) 中的受体和配体组编号1 26。mmpbsa.in输入文件将包含 MM/PB(GB)SA 计算所需的所有参数。在这种情况下，无需为聚糖定义 .mol2。在使用 igb5 (GB-OBC2) 模型和盐浓度 = 0.15M 执行 MM/PB(GB)SA 计算时，将使用 10 个帧。

值得注意的是，推荐的 GLYCAM 力场是：*“leaprc.GLYCAM_06j-1”（与 amber12SB 及更高版本兼容）、“leaprc.GLYCAM_06EPb”（与 amber12SB 及更高版本兼容）和“leaprc.GLYCAM_06h-1”（与 amber12SB 及更高版本兼容） amber99SB 及更早版本。它包含在gmx_MMPBSA包中。如果选择它，它将被复制到 $AMBERHOME/dat/x) 查看Amber 手册以获取有关 GLYCAM 力场的更多信息。

将保存包含所有统计信息的纯文本输出文件（默认值FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat：）和包含每个计算中每个帧的所有能量项的 CSV 格式输出文件。'-eo' 标志中的文件名将强制以 [.csv] 结尾（FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv在本例中）。仅当在命令行上指定时才写入此文件。

笔记

计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana（如果-nogui未在命令行中使用标志）。请查看gmx_MMPBSA_ana部分以获取更多信息

源文链接：

https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/examples/Protein_glycan/

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