多组分系统中的结合自由能计算

信息

这个例子可以在存储库文件夹的examples/Comp_receptor目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。

要求¶

危险

配体 mol2 文件必须是 Antechamber 输出。

在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：

需要输入文件	类型	描述
输入参数文件	`in`	输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范
MD 结构 + 质量 (db) 文件	`tpr` `pdb`	包含系统坐标的结构文件
索引文件	`ndx`	包含分开组中的受体和配体的文件
受体和配体组	`integers`	索引文件中的受体和配体组编号
轨迹文件	`xtc` `pdb` `trr`	最终的 GROMACS MD 轨迹，已拟合且没有 pbc。
配体参数文件	`mol2`	配体参数化的 Antechamber 输出`mol2`文件
拓扑文件（不包括在内）	`top`	GROMACS 拓扑文件（拓扑`* .itp`中定义的文件必须在同一文件夹中
参考结构文件	`pdb`	具有所需链 ID 和残基编号分配的复杂参考结构文件（不含氢）

-> 必须定义 ---> 可选，但推荐 - -> Optional

See a detailed list of all the flags in gmx_MMPBSA command line here

Command-line¶

That being said, once you are in the folder containing all files, the command-line will be as follows:

SerialWith MPIgmx_MMPBSA_test

gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 33 14 -ct com_traj.xtc -lm ligand.mol2 -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv

where the mmpbsa.in input file, is a text file containing the following lines:

Sample input file for GB calculation
Sample input file for GB calculationThis input file is meant to show only that gmx_MMPBSA works. Although, we tried to use the input files as recommended in the Amber manual, some parameters have been changed to perform more expensive calculationsin a reasonable amount of time. Feel free to change the parameters according to what is better for your system.&generalsys_name="Complex_receptor",forcefields="oldff/leaprc.ff99SBildn",leaprc.gaff"PBRadii=4, ions_parameters=1/&gbigb=8, saltcon=0.150, intdiel=10/

Keep in mind

请在此处查看gmx_MMPBSA输入文件中所有选项的详细列表以及几个示例。这些示例仅用于说明 gmx_MMPBSA 有效。建议检查这些变量，即使是未包含在此输入文件中但可用于执行计算的变量，并查看它们可以采用的值（检查输入文件部分）。这将使您能够解决许多潜在的问题，或者在您的计算中简单地使用更高级的近似值。

注意事项¶

在这种情况下，遵循单一轨迹 (ST) 近似，这意味着受体（蛋白质 + DNA + RNA + 离子）和配体琥珀格式拓扑和轨迹将从复合物的拓扑和轨迹中获得。值得注意的是，添加了一个新的变量“力场”，它简化了具有多种分子类型的复合受体的工作。为此，需要一个 MD Structure+mass(db) 文件 ( com.tpr)、一个索引文件 ( index.ndx)、一个轨迹文件 ( com_traj.xtc) 以及索引文件 ( ) 中的受体和配体组编号33 14。还需要配体 .mol2 文件来生成配体拓扑结构。mmpbsa.in输入文件将包含 MM/PB(GB)SA 计算所需的所有参数。在这种情况下，在使用 igb8 (GB-Neck2) 模型和盐浓度 = 0.15M 执行 MM/PB(GB)SA 计算时，将使用 11 个帧。值得注意的是，mbondi3 半径 ( PBRadii=4) 将按照 GB-Neck2 溶剂化模型的建议使用。intdiel=10此外，由于界面处有大量带电残留物，因此将使用高介电常数。

在这种情况下，使用了 Mg 离子的 Li/Merz 离子参数（12-6 正常使用设置）。查看Amber 手册以获取有关离子参数的更多信息。

将保存包含所有统计信息的纯文本输出文件（默认值FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat：）和包含每个计算中每个帧的所有能量项的 CSV 格式输出文件。'-eo' 标志中的文件名将强制以 [.csv] 结尾（FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv在本例中）。仅当在命令行上指定时才写入此文件。

笔记

计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana（如果-nogui未在命令行中使用标志）。请查看gmx_MMPBSA_ana部分以获取更多信息

源文链接：https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/examples/Comp_receptor/

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