下面的表列出了 Gaussian 09 的构成程序——也就是所说的链接——及其主要功能：
Gaussian提供了大量的测试任务集，以及相应的输出文件。测试1，28，94，155，194，296和302包含了Gaussian的一系列功能。运行测试文件前，重命名已存在的Default.Route文件 如果选择运行某些或全部Gaussian测试任务，需要保证它们使用了程序内置的默认设 置。例子 脚本submit.csh可用于运行测试任务。
如果购买了 Gaussian 源代码，那么 Linda 在另外的 CD 中发布。用Linda运行Gaussian Linda并行程序模型涉及在当前处理器运行的主程序，以及一些可运行于其它网络节点 的工作处理器。因此Gaussian 09/Linda的运行必须指定使用的处理器数目，以及运行任务 的处理器列表，有时还要指定其它任务参数。Gaussian 09/Linda特定条目的说明见下。注意，早期版本Gaussian使用的%NProc指令已经作废。
Default.Route 中列出的命令只改变默认值；这些命令将用输入文件执行路径中定义的 命令覆盖。所有的站点想在 Default.Route 文件中用 MaxDisk 关键词指定擦写磁盘空间总量。Default.Route的限制 并不是所有的执行路径关键词都能用于 Default.Route 文件。当一个任务开始的时候，Gaussian 检查当前工作目录，寻找这个名称的文件。
u Gaussian 09 默认的内存分配是 256 MB。Gaussian 初始化文件根据需要负责初始化其它别名和环境变量。所有的 Gaussian 用户需要在 UNIX shell 特定的初始化文件内执行 Gaussian 的初始化文件。这一机制允许多个Gaussian任务同时运行，并且使用一个共同的擦写目录。
脚本与Gaussian 运行Gaussian 09的脚本可以用几种方法创建。最后，可以建立循环，依次运行几个Gaussian任务。后者通过使用 Gaussian 09的@包含文件机制来包含： 用NQS执行批处理 Gaussian可以用UNIX系统支持的NQS批处理工具。
%Mem命令控制Gaussian使用的动态内存总量。如果Gaussian用在物理内存很有限的计算机上，使得默认的256 MB内存不可用，那么在安装时应当对默认算法和默认的内存分配进行合理的设置。关于提高Gaussian效率的更多细节参见效率的考虑。
Gaussian系统包含初始化文件，用于设置运行程序的用户环境。
未命名的擦写文件在Gaussian计算结束时默认被删除，命名的则被保存。%NoSave命令可以用来改变这一默认做法。但如果命名文件的%指令出现在%NoSave指令之后，文件将被保存。
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