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MS软件gulp模块中文翻译2-GULP动力学任务GULP动力学任务GULP动力学任务允许您通过求解牛顿经典运动方程来模拟结构中的原子在相互作用力的影响下是如何随时间函数移动，该方程在适当的情况下进行了修改，以考虑温度和压力对系统的影响。
分子动力学的主要应用是： 进行构象搜索-在动力学模拟过程中，系统经历构象和动量变化，从而可以探索结构可访问的相空间的不同部分。 生成统计系综——通过提供几种控制模拟系统温度和压力的机制，分子动力学允许您生成统计系综，从中可以计算各种能量、热力学、结构和动力学性质。 研究结构的运动——尽管现代晶体学为了解各种材料和化合物的静态结构提供了一个窗口，但分子间碰撞和构象变化的可能性始终存在。结构运动的研究可用于推导扩散系数等性质。
进行分子动力学计算 1.从预先存在的文件中导入结构，或者使用材料可视化器中用于构建晶体、表面和单壁纳米管的工具构建新的3D周期系统。 2.从菜单栏中选择Modules | GULP | Calculation（模块|GULP |计算）以显示GULP Calculation对话框。 3.如果您希望生成一个新的或修订的力场用于计算，则应在继续下一步之前进行力场拟合。 4.选择“GULP计算”对话框上的“设置”选项卡，然后从“任务”下拉列表中选择“动力学”。 5.从力场下拉列表中选择要用于计算的合适力场库。如果要检查力场库中参数化的势函数，请单击“查看…”... 按钮以显示列表。如果要从当前项目或本地和网络位置导入力场库，请选择“浏览…”...从“力场”下拉列表中，显示“选择GULP力场”对话框，然后导航到并选择所需的.lib文件。 6.如果您希望自定义任何作业设置，请单击“更多…”...按钮，以显示GULP动力学对话框并相应地更改参数。 7.选择“性质”选项卡。如果希望在GULP运行过程中计算系统的任何其他性质，请选中列表中的相应复选框。 8.选择作业控制选项卡，然后从网关位置下拉列表中选择要在其上运行GULP作业的服务器。如有必要，请指定作业将提交到的队列。GULP将根据包含正在研究的系统的3D结构文档的名称自动为作业指定一个名称。如果要指定替代名称，请取消选中“自动”复选框，然后在“任务描述”文本框中输入新名称。 9.在“并行运行”字段中指定要在其上运行作业的内核数。 10.点击更多...按钮显示GULP作业控制选项对话框。选择要用于实时更新的文档，并设置GULP在作业完成时的行为。 11.单击Run（运行）按钮。 12.如果您愿意，您可以检查中间结果，以确保计算参数是合理的。 13.作业完成后，查看输出文件。然后您可以分析结果。 注意：评估分子动力学计算的质量并不容易。一个指标是温度和压力（如相关）是否保持在要求的值。另一个指标是作为模拟时间函数的运动常数中的振荡幅度。运动常数的性质取决于所使用的系综，在最简单的NVE情况下，它只是总能量。更复杂的组合将恒温器和气压计的贡献添加到总能量中，以构成运动常数。重要的一点是，在计算过程中，该值不应出现系统漂移。这种系统漂移可能表明，例如，时间步长太大，并且系统没有正确地对其最快的振动模式进行采样。 |
