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2023-09-13
说明 使用 Petersson 及合作者[Eyring35, Truhlar70, Truhlar71, Garrett80, Skodje82, Malick98, Petersson98, Schwartz98, Petersson98a]的方法进行 IRCMax 计算。必须用标准方法为 IRCMax 任务指定可选的同位素。ZC-VTST 选项 Zero 在 IRCMax 计算中包含零点能。ReadVector 读入矢量进行跟踪。MW 是 MassWeighted 的同义词。Cartesian 跟踪笛卡尔坐标路径，不使用质量加权。重新开始选项 Restart 重新开始没有完成的 IRCMax 计算，或对已完成的 IRCMax 计算在反应路径 上加入新的点继续计算。
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2023-09-12
在 Gaussian 09 中已经改变了默认的 IRC 算法。必须指定 RCFC 或 CalcFC，用于提供初始 Hessian。MW 是 MassWeighted 的同义词。Cartesian 跟踪笛卡尔坐标反应路径，不使用质量加权。ReadCartesianFC 是 RCFC 的同义词。用于和 Gaussian 03 兼容的选项 GS2 选项请求在新的 IRC 执行中使用 Gaussian 03 的 IRC 算法。为了运行 Gaussian 03 的默认代码，需要使用关键词 Use=L115。GS2 使用 Gaussian 03 和早期版本默认的 IRC 算法[Gonzalez89, Gonzalez90]。
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2023-09-04
注意， 并不是所有的步骤都出现在检查点文件中；日志文件的 Hessian updated 信 息表示相应的步骤出现在检查点文件中。把初始 HessianD 在初始 Hessian 矩阵中，该对坐标的行和列计算数 子 置的星号(*)表示通配符。Min 和 Max 为包含通配符的坐标说明 义范围。在 这种情况下，Value，Min 和 Max 每个都是两个数，定义两个 正交弯曲分量。
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2023-09-04
Gen 关键词允许在 Gaussian 计算中使 用用户自定义基组。外部基组的输入由链接 301 的 GenBas 例程控制。随后的 NGauss 个原高斯函数行定义指数 αk 和收缩因子 dk。最后，Int=NoBasisTransform 表示不对一般收缩基组做减少原 函数个数的转换。Gaussian 对一般基组输入增加了灵活性，允许包含 预定义的基组。
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2023-09-04
G1，G2，G2MP2，G3，G3MP2，G3B3，G3MP2B3，G4，G4MP2 说明 这些方法关键词请求用 Gaussian-1[Pople89, Curtiss90]，Gaussian-2 [Curtiss91]，Gaussian-3[Curtiss98]和 Gaussian-4[Curtiss07]方法计算非常精确的能 量。G4 和 G4MP2 使用第四代 Gaussian 方法[Curtiss07, Curtiss07a]。如果原子质量指 定为整数，程序将自动使用相应的真实同位素质量。在任务的所有组成部分输出之后，Gaussian 为这些方法打印结果的表格。
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2023-09-03
DaDeMin=x Darling-Dennison 共振的最小频率差。MaxCMB=N 设定两个态达到的最大泛频，这两个态组合成最终态。NoIntAn 停用 Sharp 和 Rosenstock 分析公式，它用于计算到单个泛频和到双态组合的 跃迁积分。AllSpectra 在 Gaussian 的输出中，除了最终光谱还打印每一套组合（类型）得到的光谱。阈值单位是 I00强度。JDusch, JIdent强制程序使用标准的 Duschinsky 矩阵，或把单位矩阵做 为 Duschinsky 矩阵。
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2023-09-03
Raman 可用 于 HF，DFT，和 MP2 方法。Freq 和 NMR 现在可同时位于 HF 和 DFT 的执行路径中。在频率任务的开始，新的 Gaussian 用户经常会为看到几何优化的输出而感到惊讶： 在频率计算的开始和结束时要执行几何优化计算的链接 103。这个计算类型指定 Raman 的一个选项，并与 CPHF=RdFreq 结合使用。
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2023-09-03
如果原子质量指 定为整数，程序将自动使用相应的真实同位素质量。DoubleNumer 请求对能量进行二次数值插分，产生力常数。对 于 Hartree-Fock 和关联方法的 Freq=Numer，默认是 0.001 ，对于 GVB 和 CASSCF 的 Freq=Numer，默认是 0.005 ，对 Freq=EnOnly 默认是 0.01 。对 Freq=Anharmonic 或 Freq=VibRot 默认是 0.025 。默认为 DiagFull；NoDiagFull 表示跳过这个分析。FourPoint 将做 四次位移，但只能用于链接 106。
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2023-09-03
ROA 选项计算解析拉曼光活性强度[Helgaker94, Dukor00, Ruud02a, Barron04, Thorvaldsen08, Cheeseman09]。可以用 Freq=VibRot 计算振转耦合[Califano76, Miller80, Papousek82, Clabo88, Page88, Adamo90, Miller90, Page90, Barone03]。该选项对 Hartree-Fock 和 DFT 方法有效。NNROA 表示使用 Gaussian 03 的数 值 ROA 方法；它只是用于重复以前计算的结果。
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2023-09-03
FMM 说明 如果可能的话，强制使用快速多极方法[Greengard87, Greengard88, Greengard94, Burant96, Strain96, Burant96a, Millam97, Izmaylov06]。在 Gaussian 09 中自动使用 FMM。即使效率只能得到中等的改善（例 如，1.2 倍），Gaussian 09 一般也会启用 FMM 功能。如果分子没有对称性，对超过 60 个原 子的分子的 Hartree-Fock 和 DFT 计算会使用 FMM。对于高对称性的分子，超过 240 个原子 的 Hartree-Fock 和杂化 DFT 计算，以及超过 360 个原子的纯 DFT 计算，会使用 FMM。具有 较低（但不是没有）对称性的分子，会使用适中的阈值。
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2023-09-03
说明 Field 关键词指定在计算中加入一个有限场。在 Gaussian 09 中，这个场可以是电多极 场或 Fermi 接触项。因此，Field=X+10 表示在 X 方向加一大小为 0.001 au 的电偶极场，而 Field=XXYZ–20 表示与默认相反的方向加一大小为 0.0020 au 的电十六极场。使用 Field 时禁止存档。Checkpoint 从检查点文件读取 35 个多极分量。为安全起见，在同时使用 Field 和 GVB 时，应使用 Guess=NoSymm。
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2023-08-20
还有一些设置：over plane [a b c d]：要求分子出现位置满足平面方程ax+by+cz-d=0。over可以改成below来反转条件。如果还同时写了center关键词，相当于把分子的中心摆到位置再旋转*packmol xxx.inp运行输入 用cmd运行，powershell和gitbash没有数据库无法使用tolerance 10.0add_box_sides 1.2output toler.pdbstructure s4.pdbnumber 50inside cube 0. 0. 0. 50.end structure tolerance 2.0add_box_sides 5output sides.pdbstructure s4.pdbnumber 50inside cube 10. 10. 10. 50.end structure *add_box_sides不是非得加，大部分时候是可以不需要进行添加的。
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2023-08-20
两个版本都可以，个人喜欢第一个版本，因为可以生成其他软件提交命令的文件，对于我们用gromacs来说都是用不了的，所以不用纠结，我们只是用来画单个分子，如果分子数目大了，这个会有问题，AVOGADRO相当于MS最大的优势就是保存pdb，用vmd和gromacs可以很好识别，MS导出的PDB有时候无法识别，所以MS保存mol2，然后由AVOGADRO导出pdb格式
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2023-08-20
gmx genconf [-f [.gro/.g96/...]] [-o [.gro/.g96/...]] [-trj [.xtc/.trr/...]] [-nice ] [-nbox ] [-dist ] [-seed ] [-[no]rot] [-[no]shuffle] [-[no
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2023-08-20
在能量有利位置插入离子gmx genion [-s [.tpr/.tpb/...]] [-n [.ndx]] [-o [.gro/.g96/...]] [-p [.top]] [-nice ] [-np ] [-pname ] [-pq ] [-nn ] [-nname ] [-nq ]
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2023-08-11
将分子插入已有空位gmx insert-molecules [-f [.gro/.g96/...]] [-ci [.gro/.g96/...]] [-ip [.dat]] [-o [.gro/.g96/...]] [-nice ] [-box ] [-nmol ] [-try ]
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2023-08-11
gmx editconf [-f [.gro/.g96/...]] [-n [.ndx]] [-o [.gro/.g96/...]] [-mead [.pqr]] [-bf [.dat]] [-nice ] [-[no]w] [-[no]ndef] [-bt ] [-box ] [-an
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2023-08-11
建议初学者自己去下载2018.8 CPU版，AVX指令集（15 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2018.8_AVX_win64.rar2019.6 CUDA GPU加速版，AVX指令集（93 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2019.6_AVX_CUDA_win64.rar2020.3 CUDA GPU加速版，AVX指令集（93 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2020.3_AVX_CUDA_win64.rar2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集（88 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2020.6_AVX2_CUDA_win64.rar（nVidia显卡驱动需=471.11版）GROMACS2023_For_Windows版本：https://github.com/Hsuchein/Gromac
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2023-08-11
如果打算用超算的跑，你就不要去想安装了一切的处理方法，去找管理员这个大怨种去帮你处理你只需要考虑计算使用CPU还是GPU跑怎么选择？有钱去开GPU跑（X.00元/卡时），没钱CPU跑（0.0x元/核时）GPU比cpu快几十倍，所以这个性价比来说GPU还是划算的但是你不知道你跑GPU是否跑一半有问题所以开了GPU，最好在你的电脑上先跑不然你的钱如流水，眼睛一睁一闭发现问题钱冇得的了噢如果真有钱，建议自己课题组去买服务器如果需要买机时，我可以给你们进行推荐
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2023-08-11
若要启用 WSL，请在 PowerShell 提示符下以具有管理员权限的身份运行此命令：Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux。完成此操作后，wsl --set-version 命令应正常工作。
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2023-08-11
三、命令行分别输入：1 cat /etc/fstab EOF 2 .host:/ /mnt/hgfs fuse.vmhgfs-fuse allow_other,defaults 0 0 3 EOF4 exit 四、重启虚拟机后即可看到 mnt/hgfs 路径下的共享文件夹。
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2023-08-09
gromacs基本文件-参数文件MDP文件GROMACS的模拟参数文件。gromacs基本文件-运行输入文件TPR文件最终一步分子动力学模拟的输入文件Run input file ，二进制。gromacs基本文件-数据库文件aminoacids.dat：该文件保存GMX默认的蛋白质和核算的默认残基名称。gromacs基本文件-其他文件EDR文件模拟输出的系统能量文件。
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2023-08-09
非平衡分子动力学模拟非平衡分子动力学模拟是一种模拟方法，用于研究系统在非平衡态下的动力学行为。虽然利用线性响应理论或时间相关函数，可以根据平衡分子动力学模拟结果计算热导率、扩散系数和黏度系数等多种迁移系数，但这样的计算误差较大、精确度不高。
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2023-08-09
怎么理解速度方程？时长为啥只有ns级别：因为你模拟的系综都是微观态，而这种微观态的反应是通过时间来平均得到的，平均下来就是一点点了。帧数少，则统计分析会出现失真，帧数多则会影响计算速度，同时太占存储空间就像动画是一样的，每次一帧，连在一起就可以看出动画效果，我们也可以看出分子运动的轨迹效果
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2023-08-09
为了将分子动力学原胞有限立方体内的模拟，扩展到真实大系统的模拟，通常采用周期性边界条件。采用周期性边界条件，就可以消除引入原胞后的表面效应，构造出一个准无穷大的体积来更精确地代表宏观系统。
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2023-08-09
什么是原子电荷？卢天, 陈飞武. 原子电荷计算方法的对比[J]. 物理化学学报, 2012, 28:1-18. doi: 10.3866/PKU.WHXB2012281RESP，全称Restrained ElectroStatic Potential，是由Kollman等人在1993年提出的计算原子电荷的方法。在Amber分子动力学模拟中，RESP是有机小分子计算电荷的标配方法。它需要配合使用量化计算软件获得静电势，然后进行限制性拟合计算得到。