Gaussian 讲解69-Gaussian 09 GenChk,Geom(1)

 GenChk  

说明  

在复合计算,如Opt Freq 中,这个关键词位于自动产生任务步骤的第二步和随后的步 骤。 Opt Freq计算的第二个任务步骤,用于演示GenChk关键词: Link1: Proceeding to internal job step number 2.  ---------  在复合计算,如 它用来保证所有的基组,ECP 和拟合集信息(如果有的话)都从检查点文件读取,而 对内部存储的复合计算部分保留关键词(不管它们在例程中是否修改),因此在后面的计算 中,可以在输出和存档项目中打印这些关键词。在由用户创建的执行路径中,这个关键词不起作用。

例子

以下输出来自Opt Freq计算的第二个任务步骤,用于演示GenChk关键词

image.png



Geom  

说明  

Geom关键词定义分子说明输入的来源,关于坐标定义的选项,以及结构有关的输出。 默认从输入串读入,如前所述。Geom 可以用于定义其它的输入来源,它还可以控制打印哪 些和结构有关的信息,以及检查 Z-矩阵的分子内部连接性。Geom 关键词至少需要一个选项, 否则没有任何意义。

择项目选项  

Checkpoint    从检查点文件获取分子说明(包括变量)。只有电荷和多重度从输入串读取。例如,Geom=Checkpoint 可使后续的任务步骤从以前优化步骤的检查点文件 重新获得结构。这种操作很安全,因为如果优化失败,Gaussian 会放弃任务, 后面使用这一优化结构的计算将不再执行。如果想从检查点文件读取分子说 明,并使用冗余内坐标型的坐标修改,可以同时指定该选项和 ModRedundant选项。

AllCheck      从检查点文件获取分子说明(包括变量),电荷,多重度和标题部分。因此当使用这一选项,只需要定义执行路径和关键词所需的输入。这个选项对Modify 无效,但可以和 ModRedundant 一起使用。

 Step=N      从失败的结构优化或部分结构优化恢复第 N 步结构(对于成功的优化无效)。 Step=Original 获得最初的初始结构。这个选项用于从中间的点重新开始几何 优化。它必须与 CheckpointAllCheck Modify 中的一个结合使用。注意, 并不是所有的步骤都出现在检查点文件中;日志文件的 Hessian updated 信 息表示相应的步骤出现在检查点文件中。

ModRedundant  在执行计算前,使用冗余内坐标修改当前的结构(不考虑其坐标系)。该选项可用于修改输入文件中的分子结构,甚至是那些非几何优化的计算类型。它可以和 StepCheck AllCheck 结合使用,用于读入或修改来自检查点文件的结构。

当它和 Check Step 一起使用时,将读入两个输入部分:第一部分包含电荷和多重度,第二部分包含读入结构的改变。当与 AllCheck 选项一起使用时, 只需要修改结构的输入部分。

修改冗余坐标的说明与Opt关键词的ModRedundant选项输入具有相同的格(这里仅对格式做简单介绍;完整介绍见 Opt 关键词的说明):

[Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] [[+=]Value] [ Action [Params]] [[Min] Max]]

N1N2N3 N4 是原子序号或通配符(编号从 1 开始,虚原子不计入)。 Value 对指定坐标给出新的值,+=Value 用于把坐标变量增加 ValueAction 可选的字母代码,表示执行的坐标修改,后面有时需要接参数(忽略此代码时,默认的操作是添加指定的坐标):

B                 添加坐标,并构建所有有关 

K                 删除坐标,并去掉所有包含该坐标的有 

A                 在优化中激活坐标,如果这些坐标已被冻结的话。 

F                  在优化中冻结坐标。 

R                  从定义列表中删除坐标 

S n stp          执行平缓的势能面扫描。设置初值为 Value(或其当 坐标的增幅为 stp,总共 n 步,对每一个获得的初始结构进行 优化。 把初始 Hessian 

D                    在初始 Hessian 矩阵中,该对坐标的行和列计算数 置的星号(*)表示通配符。Min Max 为包含通配符的坐标说明 义范围(若 Min 未给出,则为最大值)。只有坐标值在这个范围内才执行Action。 

Type 可以用于指定特殊的坐标类型(坐标类型默认由指定的原子数自动判断):

X                   直角坐标。这种情况下,ValueMin Max 每个都有三组数,定义 XYZ 坐标。

B                    键长。

A                    键角。

D                   二面角。

L                   由三个原四个原子定义的线性弯曲,其中可选的第四个原子用于确定线性弯曲的两个正交方向(N4 可以是-1)。在 这种情况下,ValueMin Max 每个都是两个数,定义两个 正交弯曲分量。 

O                 对原子中心(N1)和三个连接原子定义平面外的弯曲坐标。




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