专栏博客_分子模拟小破屋

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Adjusting Bonds and Torsion Angles

一旦选定了一个平面，就可以通过单击原子并拖动来操纵平面两端的原子。显示的角度会自动调整，选择的键长不会改变。左键点击一个取代基，或者在这个例子中，一个氢和一个选定的碳原子成键，就可以调整扭转角度。
Bond Centric Manipulate Tool

Bond-Centric Manipulate tool可以改变分子的角度、键和扭转。·单击一个键并拖动光标可以调整平面。如果勾选了“Snap-to Bonds”，你会注意到平面在旋转时从黄色变成了蓝色。“Snap-to Threshold” 决定了一个平面与相邻键平面之间的夹角。例如，下面所示的“Snap-to Threshold”是10度。将Snap-to Threshold更改为90度是旋转平面只对相邻键平面进行snap的快速技巧。
Navigate Tool

导航工具用于平移、旋转和缩放分子的视图。如果选中“Display visual cues”框，黄色箭头将显示正在进行的导航类型。点击黑色显示屏上的任何地方并拖动鼠标，整个分子就会倾斜并旋转(如下图所示)。一个分子也可以通过点击原子并拖动鼠标来绕原子旋转。如下图所示，丙酮围绕其初始碳旋转。右击可以改变分子在显示屏上的位置。双击该分子将重置该分子的视图。使用鼠标的中间滚动条可以让你放大和缩小。
No CMAKE_CXX_COMPILER could be found. 错误解决

由于项目借助cmake进行编译时，需要升级g++，所以就安装了新版本，一阵操作猛如虎，结果cmake直接告诉我CMake Error at CMakeLists.txt:7 : No CMAKE_CXX_COMPILER could be found. Tell CMake where to find the compiler by setting either the environment variable CXX or the CMake cache entry CMAKE_CXX_COMPILER to the full path to the compiler, or to the compiler name if it is in the PATH.要解决这个问题，首先看看系统能不能找到g++进行编译如上图，gcc可以找到，但是g++就不行了。
为啥castep的run没有亮

只要有盒子，castep的run就可以亮，如果是没有盒子的不会亮
使用 CHARMMff 文件嵌入膜结合自由能计算（单轨迹法）的蛋白质配体

如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。可以使用控制介电常数emem。膜区域的中心由控制，mctrdz在这种情况下，膜区域将以距蛋白质中心 37 为中心。发现此设置与显式溶剂 MD 模拟一致。
gromacs文件中关于top的解读

解读视频链接：终于有时间可以聊点正事~gromacs中的top解读_哔哩哔哩_bilibili; 后面是解读信息# 后面才是重要的输入文件; Include forcefield parameters 告诉你这个下面要输入力场参数，用include itp文件路径进去#include oplsaa.ff/forcefield.itp 这个是参考格式，表示添加oplsaa.ff目录中的forcefield.itp文件[ moleculetype ] 表示分子类型Protein_chain_A 分子类型的名字nrexcl 多少个原子之内不计算非键相互作用[ atoms ] 原子名称nr 原子序号type 原子类型resnr 残基序号
使用 CHARMMff 文件计算蛋白质-配体结合自由能（单轨迹法）

如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。将保存包含所有统计信息的纯文本输出文件和包含每个计算中每个帧的所有能量项的 CSV 格式输出文件。'-eo' 标志中的文件名将强制以 [.csv] 结尾。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。

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