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含膜蛋白的 MMPBSA

信息这个例子可以在存储库文件夹的examples/Protein_membrane目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶危险配体 mol2 文件必须是 Antechamber 输出。在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS
GROMACS建立螺旋棒状结构

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蛋白聚糖结合自由能计算

信息该示例可以在存储库文件夹中的examples/Protein_glycan目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD 轨迹，已拟合且没有 pbc。拓扑文件（不包括在
GROMACS建立棒状结构

#!
蛋白质-DNA 结合自由能计算

信息这个例子可以在存储库文件夹的examples/Protein_DNA目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD 轨迹，已拟合且没有 pbc。拓扑文件（不包括在内
GROMACS建立膜结构（4种分子）

#! bin/bash###需要设置的文件名name1=POPCname2=1918PEname3=POPIname4=TLCL2###对应的数目shumu1=60shumu2=53shumu3=7shumu4=30######x y位移x=0.75y=1###生成基数文件mkdir $name1/cp $name1.pdb $name1/1.pdb #把bash脚本放到新文件夹中处理，不要放到一起处理cd $name1/gmx editconf -f 1.pdb -o ed1-1.pdb -center 0 0 0rm -r 1.pdb##导入文件DOPE需要去除顶部不要的参数，底部需要保留一个空行## sed -i '1,2d' ed1-1.pdb #删除头2行## sed -i '$d' ed1-1.pdb #删除最后1行## sed -i '$d' ed1
蛋白质-配体结合自由能计算（单轨迹法）

信息该示例可以在存储库文件夹中的examples/Protein_ligand/ST目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶危险配体 mol2 文件必须是 Antechamber 输出。在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的组号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD 轨迹，已
GROMACS建立膜结构（同一种分子）

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