#includefilename在.mdp文件中, 拓扑文件中的这些语句的功能可以通过以下两个选项来模块化:define=-DVARIABLE1-DVARIABLE2
gmxgenrestr[-f[.gro/.g96/...]][-n[.ndx]][-o[.itp]]
gmxgenion[-s[.tpr/.tpb/...]][-n[.ndx]][-o[.gro/.g96/...]]
gmxgenconf[-f[.gro/.g96/...]][-o[.gro/.g96/...]] [-trj[.xtc/.trr/...]][-nice][-nbox] [-dist][-seed][-[no]rot][-[no]shuffle] [-[no]sort][-bloc
gmxgangle[-f[.xtc/.trr/...]][-s[.tpr/.tpb/...]][-n[.ndx]]
gmxfreevolume[-f[.xtc/.trr/...]][-s[.tpr/.tpb/...]][-n[.ndx]]
gmxfilter[-f[.xtc/.trr/...]]`[-s[.tpr/.tpb/...]]`[-n[.ndx]]
gmxenergy[-f[.edr]][-f2[.edr]][-s[.tpr/.tpb/...]][-o[.xvg]] [-viol[.xvg]][-pairs[.xvg]][-ora[.xvg]][-ort[.xvg]] [-oda[.xvg]][-odr[.xvg]][-odt[.xvg]][-oten[.xvg]] [-corr[.xvg]][-vis[.xvg]][-ravg[.xvg]][-odh[.xvg]] [-nice][-b][-e][-[no]w][-xvg] [-[no]fee][-fetemp][-zero][-[no]sum][-[no]dp] [-nbmin][-nbmax][-[no]mutot][-skip] [-[no]aver][-nmol][-[no]fluct_props][-[no]driftcorr] [-[no]fluc][-[no]orinst][-[no]ovec][-acflen] [-[no]normalize][-P][-fitfn][-beginfit] [-endfi
[-[no]free][-temp]gmx enemat从能量文件(-f)中提取能量矩阵. 使用-group选项时必须提供一个文件名称, 文件中每行包含一组使用的原子. 通过寻找名称对应于原子组对名称的能量组, 会从能量文件中提取这些组的相互作用能的矩阵. 例如, 如果-group文件中包含:2
gmxeneconv[-f[.edr[...]]][-o[.edr]][-nice][-b] [-e][-dt][-offset][-[no]settime] [-[no]sort][-[no]rmdh][-scalefac][-[no]error]当使用-f选项指定多个文件时:按顺序将
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