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gromacs教程-19-常见建模软件-gmx insert-molecules将分子插入已有空位 gmx insert-molecules [-f [<.gro/.g96/...>]] [-ci [<.gro/.g96/...>]] [-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-nice ] [-box ] [-nmol ] [-try ] [-seed ] [-radius ] [-scale ] [-dr ] [-rot ] [-[no]allpair] -f后面是要插入的盒子 -ci哪些分子需要插入到盒子中 -nmol需要插入多少个分子 -o输出的插入后结构名字 gmx editconf -f 2m05.pdb -box 3 3 3 -o box.gro gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 100 -o box1.gro gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 2000 -o box2.gro
分子太多了，空间不够插入不了这么多，所以使用这个命令的时候一定要注意是否插入满
gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 400 -o box3.gro -box 1 1 1 gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 400 -o box4.gro -box 5 5 5 -box会重新修改盒子尺寸大小，所以在使用的注意没盒子的时候进行添加盒子，有就别用了
gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 1000 -o box5.gro -scale 2 gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 1000 -o box6.gro -scale 1 gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 1000 -o box7.gro -scale 0.2 -scale默认值0.57，变大变小会对插入的物质进行发生变化，如果输入0.2变小，本来只能插入900个水分子，那么水就会发生变形
gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 500 -o box8.gro -rot xyz gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 500 -o box9.gro -rot z gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 500 -o box10.gro -rot none -rot随机旋转插入分子, 可用选项: xyz, z或none，明显可以看到选择none，不选择旋转插入分子，插入的h2o显示一个方向，选择z的会有大部分朝向。
gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 10 -o box11.gro -ip positions.dat -ip 添加.dat文件，这个文件共3列，表示xyz的坐标，告诉插入分子按照这个来，如果遇到没有空间，那么就不能插入 写.dat可以用notepad++来写,下图就只插入8个h2o分子，因为没有空间，所以有2个没法插入
gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 10 -o box12.gro -ip positions.dat -dr 10 10 10 -dr 相对-ip文件中的位置, 在x/y/z方向允许的最大偏离位移,加的太大就会超出盒子10表示是10nm
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