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Gaussian 讲解69-Gaussian 09 GenChk，Geom(1)GenChk 说明 在复合计算，如Opt Freq 中，这个关键词位于自动产生任务步骤的第二步和随后的步 骤。 子 Opt Freq计算的第二个任务步骤，用于演示GenChk关键词： Link1: Proceeding to internal job step number 2. --------- 在复合计算，如 它用来保证所有的基组，ECP 和拟合集信息（如果有的话）都从检查点文件读取，而 对内部存储的复合计算部分保留关键词（不管它们在例程中是否修改），因此在后面的计算 中，可以在输出和存档项目中打印这些关键词。在由用户创建的执行路径中，这个关键词不起作用。 例子 以下输出来自Opt Freq计算的第二个任务步骤，用于演示GenChk关键词
Geom 说明 Geom关键词定义分子说明输入的来源，关于坐标定义的选项，以及结构有关的输出。 默认从输入串读入，如前所述。Geom 可以用于定义其它的输入来源，它还可以控制打印哪 些和结构有关的信息，以及检查 Z-矩阵的分子内部连接性。Geom 关键词至少需要一个选项， 否则没有任何意义。 择项目选项 Checkpoint 从检查点文件获取分子说明（包括变量）。只有电荷和多重度从输入串读取。例如，Geom=Checkpoint 可使后续的任务步骤从以前优化步骤的检查点文件 重新获得结构。这种操作很安全，因为如果优化失败，Gaussian 会放弃任务， 后面使用这一优化结构的计算将不再执行。如果想从检查点文件读取分子说 明，并使用冗余内坐标型的坐标修改，可以同时指定该选项和 ModRedundant选项。 AllCheck 从检查点文件获取分子说明（包括变量），电荷，多重度和标题部分。因此当使用这一选项，只需要定义执行路径和关键词所需的输入。这个选项对Modify 无效，但可以和 ModRedundant 一起使用。 Step=N 从失败的结构优化或部分结构优化恢复第 N 步结构（对于成功的优化无效）。 Step=Original 获得最初的初始结构。这个选项用于从中间的点重新开始几何 优化。它必须与 Checkpoint，AllCheck 或 Modify 中的一个结合使用。注意， 并不是所有的步骤都出现在检查点文件中；日志文件的 Hessian updated 信 息表示相应的步骤出现在检查点文件中。 ModRedundant 在执行计算前，使用冗余内坐标修改当前的结构（不考虑其坐标系）。该选项可用于修改输入文件中的分子结构，甚至是那些非几何优化的计算类型。它可以和 Step，Check 或 AllCheck 结合使用，用于读入或修改来自检查点文件的结构。 当它和 Check 或 Step 一起使用时，将读入两个输入部分：第一部分包含电荷和多重度，第二部分包含读入结构的改变。当与 AllCheck 选项一起使用时， 只需要修改结构的输入部分。 修改冗余坐标的说明与Opt关键词的ModRedundant选项输入具有相同的格式（这里仅对格式做简单介绍；完整介绍见 Opt 关键词的说明）： [Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] [[+=]Value] [ Action [Params]] [[Min] Max]] N1，N2，N3 和 N4 是原子序号或通配符（编号从 1 开始，虚原子不计入）。 Value 对指定坐标给出新的值，+=Value 用于把坐标变量增加 Value。Action 是可选的字母代码，表示执行的坐标修改，后面有时需要接参数（忽略此代码时，默认的操作是添加指定的坐标）： B 添加坐标，并构建所有有关 K 删除坐标，并去掉所有包含该坐标的有 A 在优化中激活坐标，如果这些坐标已被冻结的话。 F 在优化中冻结坐标。 R 从定义列表中删除坐标 S n stp 执行平缓的势能面扫描。设置初值为 Value（或其当 坐标的增幅为 stp，总共 n 步，对每一个获得的初始结构进行 优化。 把初始 Hessian D 在初始 Hessian 矩阵中，该对坐标的行和列计算数 子 置的星号(*)表示通配符。Min 和 Max 为包含通配符的坐标说明 义范围（若 Min 未给出，则为最大值）。只有坐标值在这个范围内才执行Action。 Type 可以用于指定特殊的坐标类型（坐标类型默认由指定的原子数自动判断）： X 直角坐标。这种情况下，Value，Min 和 Max 每个都有三组数，定义 X，Y，Z 坐标。 B 键长。 A 键角。 D 二面角。 L 由三个原子或四个原子定义的线性弯曲，其中可选的第四个原子用于确定线性弯曲的两个正交方向（N4 可以是-1）。在 这种情况下，Value，Min 和 Max 每个都是两个数，定义两个 正交弯曲分量。 O 对原子中心（N1）和三个连接原子定义平面外的弯曲坐标。 |
