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gromacs教程-23-常见建模软件-Avogadro软件
两个版本都可以，个人喜欢第一个版本，因为可以生成其他软件提交命令的文件，对于我们用gromacs来说都是用不了的，所以不用纠结，我们只是用来画单个分子，如果分子数目大了，这个会有问题，AVOGADRO相当于MS最大的优势就是保存pdb，用vmd和gromacs可以很好识别，MS导出的PDB有时候无法识别，所以MS保存mol2，然后由AVOGADRO导出pdb格式
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gromacs教程-23-常见建模软件-Avogadro软件
两个版本都可以，个人喜欢第一个版本，因为可以生成其他软件提交命令的文件，对于我们用gromacs来说都是用不了的，所以不用纠结，我们只是用来画单个分子，如果分子数目大了，这个会有问题，AVOGADRO相当于MS最大的优势就是保存pdb，用vmd和gromacs可以很好识别，MS导出的PDB有时候无法识别，所以MS保存mol2，然后由AVOGADRO导出pdb格式
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