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gromacs教程-22-常见建模软件-gmx genconfgmx genconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-trj [<.xtc/.trr/...>]] [-nice ] [-nbox ] [-dist ] [-seed ] [-[no]rot] [-[no]shuffle] [-[no]sort] [-block ] [-nmolat ] [-maxrot ] [-[no]renumber] 对给定的坐标文件进行简单的堆叠, 就像小孩子玩积木一样 gmx genconf -f 1.gro -o 2.gro -nbox 4 2 3 -nbox表示每个方向复制多少个box 如果输入结构没有box的时候就会出现报错的行为，导致原子键断裂
gmx editconf -f 1.gro -o box.gro -box 1.5 0.5 0.5 gmx genconf -f box.gro -o 3.gro -nbox 4 2 3
gmx genconf -f box.gro -o 4.gro -nbox 4 2 3 -dist 6 10 20 -dist设置盒子之间的距离，分别为xyz方向
gmx genconf -f box.gro -o 5.gro -nbox 4 2 3 -rot -rot增加原子随机旋转构象
gmx genconf -f box.gro -o 6.gro -nbox 4 2 3 -maxrot 90 0 180 -maxrot 90 0 180 最大的随机转动90° 0° 180° 如果没有rot这个maxrot就没有用 gmx genconf -f box.gro -o 7.gro -nbox 4 2 3 -maxrot 90 0 180 -rot -renumber重新编号残基 -seed 随机数发生器的种子, 如果为0, 根据当前时间产生
gmx genconf -trj md.xtc -o 8.gro -nbox 3 3 3 会报错，因为必须要输入-f
gmx genconf -f md.gro -trj md.xtc -o 8.gro -nbox 3 3 3
不像原来的重复，就是从轨迹总进行读取放入进来，根据数量来判断，5 5 5明显比3 3 3多
会出现1nm的间隔
再次导入轨迹就没有效果了 |
