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gromacs教程-21-常见建模软件-gmx genion在能量有利位置插入离子 gmx genion [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-p [<.top>]] [-nice ] [-np ] [-pname ] [-pq ] [-nn ] [-nname ] [-nq ] [-rmin ] [-seed ] [-conc ] [-[no]neutral] -s输入tpr文件 -o输出结构 gmx solvate -cp conf.gro -cs spc216.gro -o sol.gro -p topol.top gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -r sol.gro -p topol.top -o ions -maxwarn 1 gmx genion -s ions.tpr -o ions.gro -p topol.top -neutral 添加离子之前需要先溶剂化 -p会更新top文件 -neutral 设置体系为中性的，经常有人来问为啥用这个命令，我没法加离子，因为你体系都是中性的，那还加个毛啊
gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -r sol.gro -p topol.top -o ions2 -maxwarn 1 gmx genion -s ions2.tpr -o ions2.gro -p topol.top -pname NA -np 10 -nname CL -nn 5 -pname 阳离子的名称 默认是NA -np 是阳离子的数目 -nname 阴离子的名称 默认是CL -nn 是阴离子的数目
选择1个物质替换成离子，通常选择SOL
gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -r sol.gro -p topol.top -o ions3 -maxwarn 1 gmx genion -s ions3.tpr -o ions3.gro -p topol.top -pname NA -np 10 -nname CL -nn 5 如果选择其他物质替代会怎么样
目前选择非水类的话会报错 那如果要替代的话是否可以替代小分子溶剂呢？ 最后给大家测试一下 gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -r sol.gro -p topol.top -o ions3 -maxwarn 1 gmx genion -s ions3.tpr -o ions3.gro -p topol.top -pname NA -np 10 -nname CL -nn 5 -conc 1 -conc 默认指定添加NACL，添加浓度为1mol/L，前面设定的-pname -nname都会被重新覆盖，没有影响 这个浓度是按照体积来计算的
gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -r sol.gro -p topol.top -o ions4 -maxwarn 1 gmx genion -s ions3.tpr -o ions4.gro -p topol.top -conc 1 -rmin 2 -p这里记住一下，如果报错，也会更新相应的top，如果多次错误使用会继续更新，所以后续用top的时候需要重新复原 -rmin 2离子间的最小距离，默认距离0.6nm gmx genion -s ions3.tpr -o ions4.gro -p topol.top -conc 0.01 -rmin 2
gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -r sol.gro -p topol.top -o ions5 -maxwarn 1 gmx genion -s ions5.tpr -o ions5.gro -p topol.top -pname CS -np 10 -nname BR -nn 5
可添加的离子，你可以查一下ions.itp 上面有的都可以，如果没有的麻烦用gmx insert-molecules
gmx grompp -f em.mdp -c conf.gro -r conf.gro -p topol.top -o ions -maxwarn 1 gmx genion -s ions.tpr -o ions.gro -p ch.top -pname CS -np 10 -nname BR -nn 5
说明小分子是可以进行替换的，替换成离子不能选择大的体系
gmx grompp -f em.mdp -c conf.gro -r conf.gro -p topol.top -o ions -maxwarn 1 gmx genion -s ions.tpr -o ions.gro -p ch.top -pname CA -np 10 -neutral
gmx genion -s ions.tpr -o ions.gro -p ch.top -pname CA -pq 2 -np 10 -neutral
gmx genion -s ions.tpr -o ions.gro -p ch.top -nname F -nq -2 -nn 10 -neutral
-neutral会让体系自动达到电荷平衡，如果设置添加CA，使得体系带电，那么-neutral会默认加CL 但是这里面我们能发现CA的电荷只有1，所以导致CA的数目与CL的数目不一致 这个就是电荷错误，所以我们加入非±1的电荷时，需要给体系添加电荷数目 -pq是正电荷元素的电荷数，-nq是负电荷元素的电荷数，目前ions.itp只有正电荷MG和CA是2,其他都属于±1 |
