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gromacs教程-4-了解什么叫能量优化
什么是能量优化与分子力学？ 分子力学（molecular mechanics） 建立在经典力学理论基础上，借助经验和半经验参数计算分子结构和能量的方法，又称力场方法（force field method）。该方法的基本思想是将分子看作是一组靠弹性力维系在一起的原子的集合。这些原子若过于靠近，则会受到排斥力的影响；若远离，则会造成连接它们的化学键的拉伸或压缩、键角的扭曲，引起分子内部引力的增加，会造成计算结果因为能量过大造成无法计算。每个真实分子的结构，都是上述几种作用达到平衡的结果。 在分子以及凝聚体内部，化学键都有“自然”的键长值和键角值，当满足这些条件时，体系的能量、以及内部原子间的相互作用均应满足某种极值条件。分子要调整它的几何形状（构象），以使其键长值和键角值尽可能接近自然值，同时也使非键作用处于最小的状态。
什么是能量优化与分子力学？ 分子动力学模拟中能量优化的目的是为了得到一个相对准确的结构，降低体系能量，使得与最终你想要的平衡结构尽量接近，同时避免求解过程中体系能量过大造成爆炸，如果会发生爆炸，建议先steep，再cg，先最速下降，再共轭法，其实很多时候，只要有个合理的结构就可以了，不要动不动优化个几万步，然后问啥时候等于0，没这个必要，因为后续还有预平衡要做的。
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