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gromacs教程-3-了解什么叫搭建构型
所有的模型本质其实就是一套完整的坐标体系 分子动力学模拟的初始模型的建立是基于研究性质的分子级别的结构模型。 构建的模型必须离最后的平衡模型更加接近，一旦离得太远很难实现自己想要的的信息，或者需要模拟的时间太长。 搭建模型会有很多种文件种类，在gromacs中，主要就是gro和pdb格式 在这个里面大家要主要一下就是gro手动删除信息，就没法读出来 pdb可以进行手动删除，有的时候删除水分子，就可以手动删除 怎么打开，都可以用可视化软件查看，也可以用记事本查看
分析稳定后的性能
分析到稳定的过程 建模中需要考虑的点
分子数量如何设定？ 分子动力学模拟体系的分子数量取决于你需要分析的内容来设定，如果设定的分子数目太多，基于分子动力学模拟遍历性的特点能够看到的现象概率会增加，部分现象在一定数量后才能出现，但是这样也会需要大量的相关计算资源，如果自己分析的信息，在一定数量时也许已经足够了，再增加更多其实也没有太多意义，这种设置往往需要自己有足够的经验以及跟自己硬件配置来进行考虑。因为你是分析微观态，而微观态的系综又是通过时间平均出来的概率，所以是可以满足通过较小的微观态进行解决一些宏观态的机制。
为啥模拟只模拟一丢丢数量？ 分子动力学模拟体系的分子数量取决于你需要分析的内容，来设定，如果太多了，计算机够跑了，其实也并没有太多意义。因为你是分析微观态，而微观态的系综又是通过时间平均出来的概率，所以是可以满足通过较小的微观态进行解决一些宏观态的机制。
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