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Gaussian 讲解58-Gaussian 09 关键词ExtendedHuckel,ExternalExtendedHuckel 参见 Huckel 关键词的说明。 External 说明 指定使用一个外部程序进行计算。这种机制主要是为了便于在ONIOM计算中使用外部程 序做低层计算，但也可以在用Gaussian的优化模块作几何优化计算时，使用外部程序提供函数值和导数。 Gaussian使用标准化接口运行外部程序，对每个结构产生一个能量（以及可选的偶极矩 或力）。默认产生一个包含当前结构的文本文件，并运行一个名为Gau_External的脚本（关 于指定其他脚本的信息，见下）。用户提供的这个脚本将会： 将文本文件——简称“输入文件”——转换成其它程序的输入文件。 运行这个程序。 把结果转换为标准文本格式，用于Gaussian读取。用于Gaussian的转换文件简称为“输 出文件”。 还可以指定不同的脚本，并把脚本的名称作为External关键词的选项：例如 External=MyScript。 脚本调用 Gau_External 脚本默认传递四个参数： $ Gau_External layer InputFile OutputFile MsgFile 参数的定义如下： layer 关键字母，表示执行的计算是对真实体系（R），两层 ONIOM 的模型体系或三 层 ONIOM 的中间体系（M），还是对三层 ONIOM 的模型体系（S）。 InputFile Gaussian 用作外部程序输入的文件名。 OutputFile 在外部程序完成后，需要读取的文件名。 MsgFile 信息文件名：如果由脚本创建该文件，那么它的内容会复制到 Gaussian 输出 文件中。 一旦获取了结果，所有这些文件会被 Gaussian 删除。 还可以为脚本加入附加参数： External="RunTink Amber" 在这个例子中，实际命令是： $ RunTink Amber layer InputFile OutputFile MsgFile 指定的脚本总是把上面提到的参数作为它的最后四个参数。 输入文件格式 输入文件格式如下： #atoms derivatives-requested charge spin atomic# x y z MM-charge 对每个原子重复 第一行指定分子内的原子数，要计算什么导数（0=只算能量，1=一阶导数， 2=二阶导 数)，分子的电荷和自旋多重度。其余的行指定每个原子的原子编号，坐标，和分子力学电 荷。 输出文件格式 输出文件是固定格式，包含以下数据（全部是原子单位）：
只有在做一阶导数或频率计算时才会出现第二部分，只有在做频率计算时才会出现最后 一部分。对于后者，Hessian按照下三角形式给出：αij，i=1到N，j=1到i。偶极矩，极化率， 和偶极导数如果没有值，可以是零。 有关的关键词 外部脚本还可以指定为ONIOM关键词的模型之一（见下面的例子）。 要运行Gaussian的独立MM程序，可以用-external切换，这会导致它以External接口使 用的格式读写数据。 例子 以下执行路径部分指定了外部脚本用于三层ONIOM计算的低层： # ONIOM(B3LYP/6-31G(d):AM1:External="RunTink Amber") Opt 以下执行路径部分指定了外部脚本用于两层ONIOM任务的高精度层： # ONIOM(External="RunCC SDT":B3LYP/6-31G(d)) Opt |
