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gromacs-mdp-Computational Electrophysiology使用这些选项在“ Computational Electrophysiology ”模拟设置中控制离子/水位置交换（有关详细信息，请参阅参考手册）。较低版本（如5.x）不支持此类模拟。 下列为 2022.2 版本支持的选项。 swapcoords: no: 不启用离子/水位置交换。 X ; Y ; Z: 允许沿所选方向进行离子/水位置交换。在膜平行于 x-y 平面的典型设置中，离子/水对需要在Z方向上交换，以维持隔室中所需的离子浓度。 swap-frequency (1) : 尝试交换的频率，即确定每隔室离子数并在必要时进行交换的时间步长。通常，不需要在每个时间步进行检查，对于典型的 Computational Electrophysiology 设置，大约100就足够了，所性能影响几乎可忽略。 split-group0: 通道#0的膜嵌入部分的全部索引的名称。这些原子的质心定义了一个隔室边界，应选择接近膜中心的位置。 split-group1: 定义了另一个隔室边界位置的通道#1。 massw-split0 (no): 定义是否使用质量加权来计算拆分组（split-group）中心。 no: 使用几何中心。 yes: 使用质心。 massw-split1 (no): 同上，但对于拆分组#1而言。 solvent-group: 溶剂分子索引组的名称。 coupl-steps (10): 多个尝试交换步骤中平均每个隔室的离子数，可用于防止隔室边界附近的离子（例如通过通道扩散）导致不必要的来回交换。 iontypes (1): 待控制的不同离子类型的数量，这些在模拟期间与溶剂分子交换以达到期望的参考数。 iontype0-name: 第一种离子类型的名称（第二、三种等同理使用 iontype1-name、iontype2-name…，下两条相似，不再赘述）。 iontype0-in-A (-1): 要求隔室A中第一种离子的数量。默认值 -1 表示：使用时间步长 0 中发现的离子数量作为参考值。 iontype0-in-B (-1): 隔室B的0型离子参考数。 bulk-offsetA (0.0): 第一交换层与隔室A中平面的偏移。默认情况下（即 bulk-offsetA = 0.0），离子/水交换发生在离拆分组层最大距离（= bulk 浓度）的层之间。但是，可以指定偏移量b (-1.0 < b < +1.0)，以将 bulk layer 从 0.0 的中间偏移到一个隔室分隔层（在 +/-1.0 间）。 bulk-offsetB (0.0): 另一交换层与隔室B中平面的偏移。 threshold (1): 仅当达到与规定计数相差 threshold 时交换离子。 cyl0-r (2.0) [nm]: split cylinder #0 的半径。两个 split cylinder（模拟通道孔）可以相对于拆分组的中心选择性地定义。借助这些圆柱体，可以计算出哪些离子通过了哪个通道。split cylinder 定义对是否进行离子/水交换没有影响。 cyl0-up (1.0) [nm]: split cylinder #0 延伸长度最大值。 cyl0-down (1.0) [nm]: split cylinder #0 延伸长度最小值。 cyl1-r (2.0) [nm]: split cylinder #1 的半径。 cyl1-up (1.0) [nm]: split cylinder #1 延伸长度最大值。 cyl1-down (1.0) [nm]: split cylinder #1 延伸长度最小值。 Density-guided simulations（已完成） 这些选项允许使用并调整从三维密度（例如低温电子显微镜实验）导出的附加力进行计算和应用（详见参考手册）。类似于早些年支持NMR精修一样，随着冷冻电镜逐渐成为主流，gromacs 也增加了类似的精修功能。 density-guided-simulation-active (no): 启用密度导向模拟（density-guided simulations）。 density-guided-simulation-group (protein) : 受密度导向模拟中的力影响并对模拟密度有贡献的原子。 density-guided-simulation-similarity-measure (inner-product)： 根据原子位置来计算的密度与参考密度之间的相似性度量。 inner-product: 取参考密度和模拟密度素值的乘积之和。 relative-entropy: 使用参考密度和模拟密度之间的负相对熵（或 Kullback-Leibler 散度）作为相似性度量。忽略负密度值。 cross-correlation: 使用参考密度和模拟密度之间的皮尔逊相关系数作为相似性度量。 density-guided-simulation-atom-spreading-weight (unity): 确定在网格上扩散原子时高斯核（the Gaussian kernel）的乘法因子。 unity: 为密度拟合组中的每个原子都指定相同的单位因子。 mass: 原子对模拟密度的贡献与其质量成正比。 charge: 原子对模拟密度的贡献与其电荷成比例。 density-guided-simulation-force-constant (1e+09) [kJ mol-1]: 密度导向模拟中力的比例因子。也可以是负的。 density-guided-simulation-gaussian-transform-spreading-width (0.2) [nm]: 模拟密度所用扩展核（the spread kernel）的高斯RMS宽值。 density-guided-simulation-gaussian-transform-spreading-range-in-multiples-of-width (4): 在上述高斯RMS宽值的倍数之后，停止 gaussian。 density-guided-simulation-reference-density-filename (reference.mrc): 使用绝对路径或相对于调用 gmx mdrun 的文件夹的路径的参考密度文件名。 density-guided-simulation-nst (1): 评估和应用密度拟合力的步长间隔。施加时，力按此数字缩放（详情请参阅参考手册）。 density-guided-simulation-normalize-densities (true): 将参考密度和模拟密度素值之和归一化为1。 density-guided-simulation-adaptive-force-scaling (false): 调整力常数，以确保模拟密度和参考密度之间的相似性稳步增加。若为 true 则使用自适应力缩放。 density-guided-simulation-adaptive-force-scaling-time-constant (4) [ps]: 耦合力常数与参考密度的相似性随时间常数增加。时间越长，耦合越松。 density-guided-simulation-shift-vector (0,0,0) [nm]: 在计算密度导向模拟的力和能量之前，将此向量添加到密度导向模拟组中的所有原子。仅影响密度导向模拟的力和能量。对应于输入密度在相反方向上移动 (-1)*density-guided-simulation-shift-vector。 density-guided-simulation-transformation-matrix (1,0,0,0,1,0,0,0,1): 在计算密度导向模拟的力和能量之前，将密度导向模拟组中的所有原子乘以该矩阵。仅影响密度引导的模拟力和能量。对应于通过该矩阵的逆变换输入密度。矩阵按行主顺序给出。例如：可通过使用以下输入，将密度导向原子组围绕 z 轴旋转 θ 度：(cosθ,-sinθ,0,sinθ,cosθ,0,0,0,1)。 ———————————————— 版权声明：本文为CSDN博主「CocoCream」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。 原文链接：https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/126116755 |
