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GROMACS建立膜结构（同一种分子）#!/bin/bash cp ala.pdb 1.pdb #把bash脚本放到新文件夹中处理，不要放到一起处理 gmx editconf -f 1.pdb -o edx1.pdb -center 0 0 0 -rotate 90 0 0 rm -r 1.pdb ##导入文件pdb格式，但是需要去除顶部不要的参数，底部需要保留一个空行 sed -i '1,2d' edx1.pdb #删除头2行 sed -i '$d' edx1.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edx1.pdb #删除最后1行 ###做文件向x轴平移；i+1为设定个数 for ((i=1;i <=4;i++)) #x轴生成5个 do let in=$i; let out=$i+1; gmx editconf -f edx$in.pdb -o edx$out.pdb -translate 0.5 0 0 #每个之间X距离为1
sed -i '1,2d' edx$out.pdb #删除头2行
sed -i '$d' edx$out.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edx$out.pdb #删除最后1行 done cat edx*.pdb > edy1.pdb ###做x轴文件向y轴重复平移；n+1为重复次数 for ((n=1;n <=4;n++)) #y轴生成5个 do let in=$n; let out=$n+1; gmx editconf -f edy$in.pdb -o edy$out.pdb -translate 0 0.5 0 #每个之间y距离为1
sed -i '1,2d' edy$out.pdb #删除头2行
sed -i '$d' edy$out.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edy$out.pdb #删除最后1行 done cat edy*.pdb > me.pdb ##合并成膜 gmx editconf -f me.pdb -o mem1.pdb -c ##将合成的膜的坐标固定到原点 gmx editconf -f mem1.pdb -o me2.pdb -rotate 180 0 0 -c ##在原点处先旋转 gmx editconf -f me2.pdb -o mem2.pdb -translate 0 0 -3.6 ##旋转后的平移 sed -i '1,2d' mem1.pdb mem2.pdb #删除头2行
sed -i '$d' mem1.pdb mem2.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' mem1.pdb mem2.pdb #删除最后1行 cat mem1.pdb mem2.pdb > d-mem.pdb rm -r edx*.pdb rm -r edy*.pdb
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