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详细内容

gmx_MMPBSA软件安装

系统环境

Linux系统

GROMACS 4.x.x/5.x.x/20xx.x

Anaconda 3或Miniconda3

OpenMPI或MPICH2(可选)

硬盘空间1.3 GB以上

软件安装

既然是GROMACS分子动力学模拟,GROMACS当然是安装好且能直接调用的。除此,gmx_MMPBSA程序还要求安装好AmberTools20或21以及Python3。编译安装AmberTools是个耗时费力的工程。这里提供一个简单的安装方法:使用Anaconda(或Miniconda)联网安装。

Anaconda(或Miniconda)的安装很简单,这里不再赘述。尚未安装的读者,请自行百度查询。

首先,我们创建一个干净的虚拟环境:

conda create -n gmx_mmpbsa python=3.9 -y -q

并激活环境:

conda activate gmx_mmpbsa

然后执行以下命令安装gmx_MMPBSA的最新版本:

conda install -c conda-forge gmx_mmpbsa -y

原文链接:

https://mp.weixin.qq.com/s/sZmK3M_n8I2LhBm5KzfZ2w

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