GROMACS建立螺旋棒状结构

#!/bin/bash

cp ala.pdb 1.pdb #把bash脚本放到新文件夹中处理，不要放到一起处理

echo -e "0\n" | gmx editconf -f 1.pdb -o edx1.pdb -box 3.5 0.5 0.5 -princ

rm -r 1.pdb

##导入文件DOPE需要去除顶部不要的参数，底部需要保留一个空行

sed -i '1,2d' edx1.pdb #删除头2行

sed -i '$d' edx1.pdb #删除最后1行

###做文件向x轴平移；i+1为设定个数

for ((i=1;i <=8;i++)) #x轴生成9个

let in=$i;

let out=$i+1;

gmx editconf -f edx$in.pdb -o edx$out.pdb -rotate 0 0 40 #每个之间X距离为1

sed -i '1,2d' edx$out.pdb #删除头2行

sed -i '$d' edx$out.pdb #删除最后1行

done

cat edx*.pdb > edy1.pdb

###做x轴文件向y轴重复平移；n+1为重复次数

for ((n=1;n <=11;n++)) #y轴生成5个

let in=$n;

let out=$n+1;

gmx editconf -f edy$in.pdb -o edy$out.pdb -translate 0 0 0.5 -rotate 0 0 30 #y距离为1

sed -i '1,2d' edy$out.pdb #删除头2行

sed -i '$d' edy$out.pdb #删除最后1行

done

cat edy*.pdb > bang-rotate.pdb ##合并成膜

rm -r edx*.pdb

rm -r edy*.pdb

最新评论

请先登录才能进行回复登录

电话直呼