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2023-09-03
昨日中国男篮惨败菲律宾21分，整个男篮世界杯5场比赛，只有1胜4负，场均净输20分，说实话5场比赛全部直播看完，确实丑陋。今日写这篇文章的目的主要是为了结合中国男篮的失败聊下我们现在的材料模拟环境，其实我觉得几乎都是一样的。中国男篮和男足的衰弱，核心原因是注册人数的减少，虽然我个人认为是一些社会问题。
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2023-08-24
通过分子模拟，可以模拟药物分子与目标蛋白的相互作用，预测药物的亲和性、药效等性质，为药物设计和优化提供有力的支持和指导。未来，分子模拟的应用前景将会越来越广泛，相关的岗位需求也会不断增加。
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2023-08-23
国产材料模拟软件的发展趋势可以受到多个因素的影响，包括技术、市场需求和政策环境等。国产材料模拟软件可能会采用开源模式，吸引更多的开发者和研究人员参与其中，共同推动软件的发展。国产材料模拟软件可能会与这一领域相结合，为材料的设计和优化提供支持。
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2023-08-23
国产材料模拟软件的商业模式布局应结合以下因素：1. **许可证模式与订阅模式**：提供多种许可证级别，允许用户根据需求购买不同功能和规模的许可证。
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2023-08-22
在如今各种媒体的渲染之中，似乎中国成为制造强国已经是不争的事实了。中国人智力不差，技术不差，差的只是没有业务足以支撑，缺的是没有国人的信心，软件的替代本非一蹴而就，更多的是逐步替代。所以如何提升国内用户对于国产仿真软件的信心才是重点。
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2023-02-10
3，检验是否安装完成。此处/usr/local/gromacs/bin/GMXRC路径是因为我们安装gromacs时没有指定安装路径，系统默认可执行文件放在/usr/local/bin当中。
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2023-02-09
一旦选定了一个平面，就可以通过单击原子并拖动来操纵平面两端的原子。显示的角度会自动调整，选择的键长不会改变。左键点击一个取代基，或者在这个例子中，一个氢和一个选定的碳原子成键，就可以调整扭转角度。
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2023-02-09
Bond-Centric Manipulate tool可以改变分子的角度、键和扭转。·单击一个键并拖动光标可以调整平面。如果勾选了“Snap-to Bonds”，你会注意到平面在旋转时从黄色变成了蓝色。“Snap-to Threshold” 决定了一个平面与相邻键平面之间的夹角。例如，下面所示的“Snap-to Threshold”是10度。将Snap-to Threshold更改为90度是旋转平面只对相邻键平面进行snap的快速技巧。
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2023-02-09
导航工具用于平移、旋转和缩放分子的视图。如果选中“Display visual cues”框，黄色箭头将显示正在进行的导航类型。点击黑色显示屏上的任何地方并拖动鼠标，整个分子就会倾斜并旋转(如下图所示)。一个分子也可以通过点击原子并拖动鼠标来绕原子旋转。如下图所示，丙酮围绕其初始碳旋转。右击可以改变分子在显示屏上的位置。双击该分子将重置该分子的视图。使用鼠标的中间滚动条可以让你放大和缩小。
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2023-04-10
由于项目借助cmake进行编译时，需要升级g++，所以就安装了新版本，一阵操作猛如虎，结果cmake直接告诉我CMake Error at CMakeLists.txt:7 : No CMAKE_CXX_COMPILER could be found. Tell CMake where to find the compiler by setting either the environment variable CXX or the CMake cache entry CMAKE_CXX_COMPILER to the full path to the compiler, or to the compiler name if it is in the PATH.要解决这个问题，首先看看系统能不能找到g++进行编译如上图，gcc可以找到，但是g++就不行了。
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2023-02-05
如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。可以使用 控制介电常数emem。膜区域的中心由 控制，mctrdz在这种情况下，膜区域将以距蛋白质中心 37 为中心。发现此设置与显式溶剂 MD 模拟一致。
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2023-03-31
解读视频链接：终于有时间可以聊点正事~gromacs中的top解读_哔哩哔哩_bilibili; 后面是解读信息# 后面才是重要的输入文件; Include forcefield parameters 告诉你这个下面要输入力场参数，用include itp文件路径进去#include oplsaa.ff/forcefield.itp 这个是参考格式，表示添加oplsaa.ff目录中的forcefield.itp文件[ moleculetype ] 表示分子类型Protein_chain_A 分子类型的名字nrexcl 多少个原子之内不计算非键相互作用[ atoms ] 原子名称nr 原子序号type 原子类型resnr 残基序号
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2023-02-05
如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。将保存包含所有统计信息的纯文本输出文件和包含每个计算中每个帧的所有能量项的 CSV 格式输出文件。'-eo' 标志中的文件名将强制以 [.csv] 结尾。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。
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2023-03-31
PDB文件本质是一种ASCII码文件，可以用普通的文本编辑器编辑，也可以用专业软件编辑。不过要展示该文件所表示的蛋白质三维空间结构则需要借助相关软件，如winCoot、Moe等。
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2023-02-05
信息该示例可在存储库文件夹中的examples/COVID-19_related_proteins/S1_RBD_with_antibody_6zlr目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA Github 存储库下载特定文件夹。要求¶在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD 轨迹，已拟合且没有 pbc。拓扑文件top考虑到属于拓
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2023-03-26
$atom scalar @shuffledOriginalAtoms 0) { my $index = int rand; $atom = $shuffledOriginalAtoms[$index]; # Check we haven't already changed it and it satisfies Lowenstein rule if { splice @shuffledOriginalAtoms, $index, 1; $atom = undef; } elsif { if (!$atom) { print Unable to satisfy Lowenstein's rule\\n; # Count the number
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2023-02-05
如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA Github 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。
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2023-02-05
如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA Github 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。请查看gmx_MMPBSA_ana部分以获取更多信息
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2023-02-05
如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA Github 存储库下载特定文件夹。在这种情况下，还需要一个拓扑文件来生成琥珀色格式的拓扑文件，其中包含 CHARMM 力场的所有项。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。
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2023-03-22
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem文/Sobereva@北京科音First release: 2014-Jul-23 Last update: 2021-Nov-141 前言构建磷脂膜的程序和办法不少，比如CHARMM-GUI、Packmol等等，但都有这样或那样的缺点。为了能灵活、方便、快速地构建磷脂双分子膜，笔者专门开发了这个genmixmem程序。genmixmem已经可以完全取代genmem的功能。genmixmem并不会像Packmol那样利用优化算法来让磷脂分子刚性地旋转以避免过近的接触。
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2023-02-05
信息这个例子可以在存储库文件夹的examples/Comp_receptor目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶危险配体 mol2 文件必须是 Antechamber 输出。在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD
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2023-02-05
这将使您能够解决许多潜在的问题，或者在您的计算中简单地使用更高级的近似值。注意事项在这种情况下，遵循单一轨迹 近似，这意味着受体和配体琥珀格式拓扑结构和轨迹将从复合物中获得。在这种情况下，在使用 igb2 模型和盐浓度 = 0.15M 执行 MM/PBSA 计算时将使用 4 个帧。笔记计算完成后，可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。
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2023-02-05
信息这个例子可以在存储库文件夹的examples/Protein_membrane目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test，请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶危险配体 mol2 文件必须是 Antechamber 输出。在这种情况下，gmx_MMPBSA需要：需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS