工具类
  • 基组basis set exchange

    Basis Set Exchange (BSE)Basis Set Exchange (BSE, https://www.basissetexchange.org/ )是一个强大的量化基组交流社区, 里面收集了文献报道的基组信息, 并能提供多种软件对应格式的基组信息下载, 当使用量化计算缺乏合适的基

    2023-08-16 0 0 0 0
  • phonopy计算声子谱

    Setting tags — Phonopy v.2.20.0软件不会,后期学习,这个软件做第一性原理用到的还是很多的,计算声子谱

    2023-08-16 0 0 0 0
  • ovito-lammps御用软件

    OVITO – Open Visualization Tool – Scientific visualization and analysis software for atomistic simulation data你学lammps,不学这个,就有点看不起ovito,这个软件绝对是最适合lammps的软件,其他的都没这个适合虽然我不太会用,后期会了,再写教程你们先自学吧,软件可以在这个网址进行下载

    2023-08-16 0 0 0 0
  • Modeller建模

    About MODELLER 没用过,因为没有学术账户,以后有时间尝试Modeller可用于蛋白质三维结构的同源或比较建模。用户提供与目标序列相关的比对序列文件,modeller可自动计算包含所有非氢原子的结构模型。Modeller可安装在Unix/Linux系统、windows和Mac系统中。

    2023-08-16 0 0 0 0
  • charmm-gui建模/力场/分子动力学

    CHARMM-GUI个人评价牛逼的软件,处理生物体系都很好里面能建模的数据库也挺丰富的可以和amber进行互通但是如果要弄gromacs的力场有很多难识别的问题可建模型如果不在数据库很多时候好像做不了计算速度比较慢使用的时候,不一定要让它跑完,再去下载反正我下载的时候经常出现几十kb/s仅个人当下使用评价,如果有啥问题,可评论,可联系我

    2023-08-16 0 0 0 0
  • Materials Project材料数据库网站

    Materials Project - Home个人评价:这个网站很牛逼有着大量的数据可以供大家查询查找也很简单可以用QQ号进行注册,比那些学术账户注册爽就是MD的速度有点卡然后就是这个数据库里面有着大量的机器学习算出来的结构,好像有点子问题使用时建议大家把没有实验参照的稍微要注意一下,否则结果不一

    2023-08-16 0 0 0 0
  • AutoFF分子力场生成器

    鸿之微云-爱科研,用鸿之微云 (hzwtech.com)个人评价:免费就是好可匹配的力场参数类型还是比较多的软件的流畅度,其实还是挺高的,不至于说容易卡可使用的电荷平衡的方法还是比较多然后可以直接生成的力场应用软件种类还是蛮多的目前就是处理特别大的体系好像不是太可以然后就是可能生成的时候部分键没有生成,但是没有提示总的来说这个是一款非常不错的工具仅个人当下使用评价,如果有啥问题,可评论,可联系我

    2023-08-16 0 0 0 0
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