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GROMACS建立螺旋棒状结构#!/bin/bash cp ala.pdb 1.pdb #把bash脚本放到新文件夹中处理,不要放到一起处理 echo -e "0\n" | gmx editconf -f 1.pdb -o edx1.pdb -box 3.5 0.5 0.5 -princ rm -r 1.pdb ##导入文件DOPE需要去除顶部不要的参数,底部需要保留一个空行 sed -i '1,2d' edx1.pdb #删除头2行 sed -i '$d' edx1.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edx1.pdb #删除最后1行 ###做文件向x轴平移;i+1为设定个数 for ((i=1;i <=8;i++)) #x轴生成9个 do let in=$i; let out=$i+1; gmx editconf -f edx$in.pdb -o edx$out.pdb -rotate 0 0 40 #每个之间X距离为1
sed -i '1,2d' edx$out.pdb #删除头2行
sed -i '$d' edx$out.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edx$out.pdb #删除最后1行 done cat edx*.pdb > edy1.pdb ###做x轴文件向y轴重复平移;n+1为重复次数 for ((n=1;n <=11;n++)) #y轴生成5个 do let in=$n; let out=$n+1; gmx editconf -f edy$in.pdb -o edy$out.pdb -translate 0 0 0.5 -rotate 0 0 30 #y距离为1
sed -i '1,2d' edy$out.pdb #删除头2行
sed -i '$d' edy$out.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edy$out.pdb #删除最后1行 done cat edy*.pdb > bang-rotate.pdb ##合并成膜 rm -r edx*.pdb rm -r edy*.pdb 上一篇含膜蛋白的 MMPBSA下一篇蛋白聚糖结合自由能计算 |