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GROMACS建立管装单层结构#!/bin/bash cp ala.pdb 1.pdb #把bash脚本放到新文件夹中处理，不要放到一起处理，ala是一个两亲多肽分子 gmx editconf -f 1.pdb -o edx1.pdb -box 3.5 0.5 0.5 -center 0 0 0 ##建立盒子，设定旋转中心 rm -r 1.pdb ##生成的PDB文件需要去除顶部不要的参数，底部需要保留一个空行 sed -i '1,2d' edx1.pdb #删除头2行 sed -i '$d' edx1.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edx1.pdb #删除最后1行 ###做文件向x轴平移；i+1为设定个数 for ((i=1;i <=35;i++)) #生成36个单体分子，用于后续合并 do let in=$i; let out=$i+1; gmx editconf -f edx$in.pdb -o edx$out.pdb -rotate 10 0 0 -translate 0 0 0.5 ##垂直X轴
sed -i '1,2d' edx$out.pdb #删除头2行
sed -i '$d' edx$out.pdb #删除最后1行 sed -i '$d' edx$out.pdb #删除最后1行 done cat edx*.pdb > rotate-c0x5.pdb ###合并结构 rm -r edx*.pdb ##删除中间过程
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