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SARS-CoV-2 主要蛋白酶与 masitinib 结合自由能计算(单轨迹法)的去甲基化类似物与 CHARMMff 文件的复合物信息 该示例可以在存储库文件夹中的examples/COVID-19_related_proteins/Main_protease_7l5d目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test,请使用downgit从 gmx_MMPBSA Github 存储库下载特定文件夹。 要求¶在这种情况下,
-> 必须定义 ---> 可选,但推荐 --> 可选 在此处查看gmx_MMPBSA 命令行中所有标志的详细列表 命令行¶也就是说,一旦进入包含所有文件的文件夹,命令行将如下所示: gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct com_traj.xtc -cp topol.top 其中
记住
请在此处查看 注意事项¶在这种情况下,遵循单一轨迹 (ST) 近似,这意味着受体和配体结构和轨迹将从复合物的结构和轨迹中获得。为此,需要一个 MD Structure+mass(db) 文件 ( 笔记 计算完成后,可以分析结果 源文链接:https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/examples/COVID-19_related_proteins/Main_protease_7l5d/ |