MMPBSA计算还需要准备一个参数文件mmpbsa.in，可以通过下面的命令即时产生：
gmx_MMPBSA --create gb pb decomp
该文件列出了GB、PB方法做结合自由能计算和能量分解的所有参数，具体含义请见官方网站【9】。大部分情况下默认参数就够用了，只有少量需要修改。这里给一个精简版的mmpbsa.in文件：
# General namelist variables
&general
sys_name = ""
startframe = 1
endframe = 10000
interval = 50
/
# Generalized-Born (GB) namelist variables
&gb
igb = 5
saltcon = 0.150
/
# Poisson-Boltzmann (PB) namelist variables
&pb
istrng = 0.15
npbopt = 0
/
# Energy decomposition namelist variables
&decomp
idecomp = 2
dec_verbose = 3
print_res = "within 6"
/
说明：
• startframe和endframe：是用于结合自由能计算的动力学轨迹起始帧和终末帧，请根据实际情况修改。
• interval：采样间隔，即每隔多少帧取一帧进行计算。按照上述例子，最终用于计算的帧数为 (10000 - 1 + 1) / 50 = 200帧。一般而言，200-500帧就足够了。
• igb：GB方法的计算模型，igb = 5即采用GB-OBC2模型，其他模型详见官网或Amber手册。
• saltcon：离子浓度，单位：摩尔浓度（M）。
• istrng：离子强度，单位：摩尔浓度（M）。
• npbopt：采用线性（0）或非线性（1）PB方程。对于一般体系，前者就足够了；而后者更推荐用于高度带电的体系，相应地，需要调整eneopt和cutnb参数。
• idecomp：能量分解方案，数值2表示将按残基分解的1-4 EEL项加到EEL项中，而1-4 VDW项则加至VDW势能项。
• dec_verbose：内容输出程度，数值3表示输出全部数据，包括：复合物、受体、配体的能量以及它们的差值，还有总体、侧链以及骨架的贡献值。
• print_res：指定输出哪些残基的能量分解数据，within 6表示输出距离受体、配体6 Å以内的残基。也可以直接指定残基，例如，"A/1,3-10,15,100 B/25"，表示输出复合物中A链的1、3至10、15、100号残基以及B链的25号残基。
idecomp=1 & 2 时输出结果为单个残基的结合自由能，其中=1将1-4非键相互作用能（1-4 EEL & 1-4 VDW）归为内部势能，而=2则将1-4非键相互作用各自归为静电势能和范德华势能上。idecomp=3 & 4 时输出结果为残基对的结合自由能。
dec_verbose可指定输出的结果信息，其中dec_verbose=0输出总体的ΔG；dec_verbose=1则输出侧链、骨架、总体的ΔG；dec_verbose=2输出配体、受体、复合物的能量值以及总体的ΔG；dec_verbose=3则输出配体、受体、复合物的能量值以及侧链、骨架、总体的ΔG。一般情况下，我们关注总体的ΔG，因此，定义dec_verbose=0即可。
print_res可指定计算能量的残基，print_res="within 4"表示输出配体周围4埃范围内氨基酸残基的能量贡献，也可自己定义氨基酸残基，如：
print_res="A/1,3-10,15,100 B/25"
准备好mmpbsa.in文件后，在终端运行同样的命令即可。
原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/sZmK3M_n8I2LhBm5KzfZ2w
