软件学习
  • gromacs教程-6-水模型力场

    水分子力场种类划分与其它任何分子相比,水分子具有无与伦比的重要性。三力点水分子模型的分子间相互作用力,由静电相互作用和van der Waals相互作用两个部分组成。van der Waals相互作用利用球形对称的Lennard-Jones势函数近似,作用中心位于氧原子上。在分子力场中计入极化效应的分子力场,被称为可极化分子力场。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-5-了解什么是力场

    在MaterialStudio中御用,参数是加密不公开的,虽然lammps也能用,但是参数不全。UFF=Universal Force Field:涵盖整个周期表的普适型力场。大分子力场CHARMM=Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics,函数形式简单,包含以下版本:CHARMM19:联合原子力场,也适用于蛋白质。名字编号是最初使用这种力场的CHARMM版本得名的。这是目前最好的amber力场。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-4-了解什么叫能量优化

    什么是能量优化与分子力学?分子力学 建立在经典力学理论基础上,借助经验和半经验参数计算分子结构和能量的方法,又称力场方法。在分子以及凝聚体内部,化学键都有“自然”的键长值和键角值,当满足这些条件时,体系的能量、以及内部原子间的相互作用均应满足某种极值条件。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-3-了解什么叫搭建构型

    所有的模型本质其实就是一套完整的坐标体系分子动力学模拟的初始模型的建立是基于研究性质的分子级别的结构模型。因为你是分析微观态,而微观态的系综又是通过时间平均出来的概率,所以是可以满足通过较小的微观态进行解决一些宏观态的机制。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-2-了解 分子动力学模拟

    分子动力学模拟解决的根本问题是描述相互作用的粒子在一定时间与空间中的演化规律。总体而言,分子动力学模拟方法是基于求解牛顿运动方程来确定粒子运动状态。在此条件下,可求解多粒子体系的运动方程,并开始进行分子动力学模拟。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-1-了解gromacs

    还可以分析各种构型的分布啊,二面角等还可以没事加个电流来玩.......剩下的你就看文献吧到底学lammps还是gromacs?不知道你喜欢啥用啥想多学请自便大爷的,我这里整理的是GROMACS手册你问我这个是不是有点....怎么学习gromacs这个软件?

    2023-08-09 0 0 0 0
  • Gaussian 讲解60-Gaussian 09 冻芯选项

    Gaussian 09对程序中从前已存在的 选项新增了一些附加选项[Austin02]。FreezeNobleGasCore 在后-SCF 计算中,冻结最大的惰性气体芯轨道。FreezeG4 根据 G4 的规定冻结轨道。RW “读入窗口”选项,表示保留在后 SCF 计算中的分子轨道特定信息由输入文 件提供。ReadWindow 是 RW 的同义词。这适用于使用双 zeta 芯基函数的冻芯。ListWindow 从由空白行终止的输入串读入冻结的轨道列表。

    2023-07-04 0 0 0 0
  • Gaussian 讲解59-Gaussian 09 关键词ExtraBasis和ExtraDensityBasis

    ExtraBasis的最大用处是为标准基组内未定义的元素提供基函数。它不能替代内置基组 中的定义,这样做会导致错误。因此,Gen经常比ExtraBasis更容易使用;使用这个关键词之前先参考说明。如果在执行路径中没有定义密度拟合基,ExtraDensityBasis会被忽略。

    2023-07-04 0 0 0 0
  • Gaussian 讲解58-Gaussian 09 关键词ExtendedHuckel,External

    ExtendedHuckel 参见 Huckel 关键词的说明。External 说明 指定使用一个外部程序进行计算。默认产生一个包含当前结构的文本文件,并运行一个名为Gau_External的脚本。用于Gaussian的转换文件简称为“输 出文件”。InputFile Gaussian 用作外部程序输入的文件名。要运行Gaussian的独立MM程序,可以用-external切换,这会导致它以External接口使 用的格式读写数据。

    2023-07-04 0 0 0 0
  • Gaussian 讲解57-Gaussian 09 关键词EPT

    选项 OVGF 使用外部价电子格林函数传播子。OVGF+P3 同时使用两种传播子方法。FC 这个关键词可以使用所有的冻芯选项。完整的信息参见 FC 选项的说明。ReadOrbitals 指定起始轨道和终止轨道进行精确计算,这一输入部分需要一个空白行作为 结束。这个选项出现在一些 G09 测 试任务中,但对正式计算没有用处。

    2023-07-04 0 0 0 0
技术支持: CLOUD | 管理登录
seo seo