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  • Gaussian 讲解61-Gaussian 09 Field

    说明 Field 关键词指定在计算中加入一个有限场。在 Gaussian 09 中，这个场可以是电多极 场或 Fermi 接触项。因此，Field=X+10 表示在 X 方向加一大小为 0.001 au 的电偶极场，而 Field=XXYZ–20 表示与默认相反的方向加一大小为 0.0020 au 的电十六极场。使用 Field 时禁止存档。Checkpoint 从检查点文件读取 35 个多极分量。为安全起见，在同时使用 Field 和 GVB 时，应使用 Guess=NoSymm。

    2023-09-03 0 0 0 0

  • gromacs教程-25-常见建模软件-packmol

    还有一些设置：over plane [a b c d]：要求分子出现位置满足平面方程ax+by+cz-d=0。over可以改成below来反转条件。如果还同时写了center关键词，相当于把分子的中心摆到位置再旋转*packmol xxx.inp运行输入 用cmd运行，powershell和gitbash没有数据库无法使用tolerance 10.0add_box_sides 1.2output toler.pdbstructure s4.pdbnumber 50inside cube 0. 0. 0. 50.end structure tolerance 2.0add_box_sides 5output sides.pdbstructure s4.pdbnumber 50inside cube 10. 10. 10. 50.end structure *add_box_sides不是非得加，大部分时候是可以不需要进行添加的。

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-24-常见建模软件-charmm-gui

    、

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-23-常见建模软件-Avogadro软件

    两个版本都可以，个人喜欢第一个版本，因为可以生成其他软件提交命令的文件，对于我们用gromacs来说都是用不了的，所以不用纠结，我们只是用来画单个分子，如果分子数目大了，这个会有问题，AVOGADRO相当于MS最大的优势就是保存pdb，用vmd和gromacs可以很好识别，MS导出的PDB有时候无法识别，所以MS保存mol2，然后由AVOGADRO导出pdb格式

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-22-常见建模软件-gmx genconf

    gmx genconf [-f [.gro/.g96/...]] [-o [.gro/.g96/...]] [-trj [.xtc/.trr/...]] [-nice ] [-nbox ] [-dist ] [-seed ] [-[no]rot] [-[no]shuffle] [-[no

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-21-常见建模软件-gmx genion

    在能量有利位置插入离子gmx genion [-s [.tpr/.tpb/...]] [-n [.ndx]] [-o [.gro/.g96/...]] [-p [.top]] [-nice ] [-np ] [-pname ] [-pq ] [-nn ] [-nname ] [-nq ]

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-20-常见建模软件-solvate

    体系溶剂化gmx solvate [-cp [.gro/.g96/..]] [-cs [.gro/.g96/…

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-19-常见建模软件-gmx insert-molecules

    将分子插入已有空位gmx insert-molecules [-f [.gro/.g96/...]] [-ci [.gro/.g96/...]] [-ip [.dat]] [-o [.gro/.g96/...]] [-nice ] [-box ] [-nmol ] [-try ]

    2023-08-11 0 0 0 0

  • gromacs教程-18-常见建模软件-gmx editconf

    gmx editconf [-f [.gro/.g96/...]] [-n [.ndx]] [-o [.gro/.g96/...]] [-mead [.pqr]] [-bf [.dat]] [-nice ] [-[no]w] [-[no]ndef] [-bt ] [-box ] [-an

    2023-08-11 0 0 0 0

  • gromacs教程-17-windows版安装

    建议初学者自己去下载2018.8 CPU版，AVX指令集（15 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2018.8_AVX_win64.rar2019.6 CUDA GPU加速版，AVX指令集（93 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2019.6_AVX_CUDA_win64.rar2020.3 CUDA GPU加速版，AVX指令集（93 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2020.3_AVX_CUDA_win64.rar2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集（88 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2020.6_AVX2_CUDA_win64.rar（nVidia显卡驱动需=471.11版）GROMACS2023_For_Windows版本：https://github.com/Hsuchein/Gromac

    2023-08-11 0 0 0 0
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