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Ubuntu终端前面的(base)消失导致无法启动conda环境

很久不用Ubuntu会导致终端下conda环境的消失，condaactivate等命令提示不能用等，此时需要激活一下conda
gmx_MMPBSA 的工作原理

gmx_MMPBSA 是一个基于 AMBER 的 MMPBSA.py 的新工具，旨在使用 GROMACS 文件执行终态自由能计算。GROMACS 用户使用MMPBSA.py需要付出巨大的努力才能成功完成该过程。gmx_MMPBSA 一般工作流程gmx_MMPBSA 功能可分为 3 个部分，如图 1 所示。最后，在最后一步Analysis中，可以使用图形用户界面分析结果gmx_MMPBSA_ana。gmx_MMPBSA一般工作流程所需的输入文件目前，gmx_MMPBSA支持两个系列的力场：Amber 和 CHARMM。
如何安装anaconda

官网下载anacondash Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh #执行安装文件, 开始安装，以实际下载文件名为主按Enter键输入yesgedit~/.bashrc在末尾加export PATH=$PATH:/home/root/anaconda3/bin ##以实
CHARMM力场MMPBSA计算

在本例中，需要的文件有MD结构+质量文件，即.tpr文件；一个ndx文件；一个.xtc文件；一个top文件；还有一个后缀名为in的输入文件。构建.ndx这一步使用gmx生成配体和受体的ndx，需要复合物的.gro文件，通过选择原子编号来确定两个部分。
解决Ubuntu make 命令 sudo: make: command not found

方法一：sudo apt-get install gcc automake autoconf libtool make -y
gmx_mmpbsa软件介绍

简介gmx_mmpbsa用于计算GROMACS轨迹的MMPBSA结合能, 并进行能量分解. 计算时, MM部分由脚本自行完成, PBSA部分借助APBS程序完成. 因此, 在使用gmx_mmpbsa前, 必需安装好GROMACS和APBS程序. 如果你已经需要使用这个脚本了, 那说明你已经得到了GROMACS的轨迹, GROMACS自然是已经安装好了的. 而APBS的安装也很简单, 官方网站提供了二进制版本, Linux和Windows下的都有, 拖过来就可以用.gmx_mmpbsa计算MM和PBSA所需的原子参数(电荷, 半径, LJ参数等)来自GROMACS的.tpr文件, 因此, 需要调用gmx dump程序处理.tpr文件, 以便抽取所需的参数. 采用
CMake Error: failed to create symbolic link '../../lib/libopencv_core.so': operation not permitted

采用虚拟机安装时，文件放在共享文件夹中会报错，这是因为包放在了挂载共享目录下，必须换一个非挂载文件夹，然后从头开始重新编译！
mmpbsa.in内容说明

MMPBSA计算还需要准备一个参数文件mmpbsa.in，可以通过下面的命令即时产生：gmx_MMPBSA--creategbpbdecomp该文件列出了GB、PB方法做结合自由能计算和能量分解的所有参数，具体含义请见官方网站【9】。大部分情况下默认参数就够用了，只有少量需要修改。这里给一个精简版的mmpbsa.in文件：#Generalnamelistvariablesgeneralsys_name=startframe=1endframe=10000interval=50/#Generalized-Born(GB)namelistvariablesgbigb=5saltcon=0.150/#Poisson-Boltzmann(PB)namelistvariablespbistrng=0.15npbopt =0/#Energydecompositionnamelistvaria

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