专栏博客
  • 蛋白质-DNA 结合自由能计算

    信息这个例子可以在存储库文件夹的examples/Protein_DNA目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test,请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶在这种情况下,gmx_MMPBSA需要:需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的受体和配体组编号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD 轨迹,已拟合且没有 pbc。拓扑文件(不包括在内

  • GROMACS建立膜结构(4种分子)

    #! bin/bash###需要设置的文件名name1=POPCname2=1918PEname3=POPIname4=TLCL2###对应的数目shumu1=60shumu2=53shumu3=7shumu4=30######x y位移x=0.75y=1###生成基数文件mkdir $name1/cp $name1.pdb $name1/1.pdb #把bash脚本放到新文件夹中处理,不要放到一起处理cd $name1/gmx editconf -f 1.pdb -o ed1-1.pdb -center 0 0 0rm -r 1.pdb##导入文件DOPE需要去除顶部不要的参数,底部需要保留一个空行## sed -i '1,2d' ed1-1.pdb #删除头2行## sed -i '$d' ed1-1.pdb #删除最后1行## sed -i '$d' ed1

  • 蛋白质-配体结合自由能计算(单轨迹法)

    信息该示例可以在存储库文件夹中的examples/Protein_ligand/ST目录中找到。如果您之前没有使用 gmx_MMPBSA_test,请使用downgit从 gmx_MMPBSA GitHub 存储库下载特定文件夹。要求¶危险配体 mol2 文件必须是 Antechamber 输出。在这种情况下,gmx_MMPBSA需要:需要输入文件必需的类型描述输入参数文件in输入文件包含有关将要执行的计算类型的所有规范MD 结构 + 质量 (db) 文件tprpdb包含系统坐标的结构文件索引文件ndx包含分开组中的受体和配体的文件受体和配体组integers索引文件中的组号轨迹文件xtcpdbtrr最终的 GROMACS MD 轨迹,已

  • 蛋白质-蛋白质结合自由能计算

    建议检查这些变量,即使是未包含在此输入文件中但可用于执行计算的变量,并查看它们可以采用的值。这将使您能够解决许多潜在的问题,或者在您的计算中简单地使用更高级的近似值。'-eo' 标志中的文件名将强制以 [.csv] 结尾。笔记计算完成后,可以分析结果gmx_MMPBSA_ana。请查看gmx_MMPBSA_ana部分以获取更多信息

  • 解决Ubuntu虚拟机下mnt/hgfs下没有共享文件夹的问题

    sudo vmhgfs-fuse .host:/ /mnt/hgfs -o allow_other

  • gmx_mmpbsa例子

    在这里,您可以找到可以使用 执行的几乎所有类型的计算和分析的表示gmx_MMPBSA。虽然每个示例都侧重于特定情况,但您可以gmx_MMPBSA在结合了许多不同组件(即金属蛋白-配体复合物、蛋白质-DNA-配体等)的系统上使用。此外,还可以在特定系统的同一运行中执行几种类型的计算(例如GB、丙氨酸扫描和逐残基分解;PB、相互作用熵和逐位分解)。系统¶这是可以使用 gmx_MMPBSA 处理和分析的系统的表示。我们的程序有一个强大的方法来处理输入结构。即使您的系统未在此处展示,也请尝试一下,您不会失望的!😀蛋白质-蛋白质123蛋白质

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