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MS软件gulp模块中文翻译53-GULP“表面计算”对话框通过“GULP表面计算”对话框,可以指定适用于GULP表面运算任务的设置。
可以执行表面能计算、附着能计算或两者。您可以使用下面描述的复选框来选择要计算的属性。
选择表面层:该工具选择激活的二维周期性结构文档中的整个重复单位层。
注意:只有当“Cleave surface”工具创建了活动的二维周期性文档,并且至少有一个完整的重复单元可用时,才会启用“Select surface layers”工具。
表面区域设置无论需要进行哪些计算,都需要指定表面区域。 将选定原子添加到SurfaceAtoms集合:当前2D周期性原子文档中的所有选定原子都将添加到表面原子集合中。只有当至少有一个选定的原子不在表面原子集中时,才会启用此按钮。然后,表面原子集将在文档中自动选择,因此也会高亮显示。 从SurfaceAtoms集中删除选定原子:当前2D周期性原子文档中的所有选定原子都将从表面原子集中删除。只有当至少一个选定原子位于表面原子集中时,才会启用此按钮。然后,将在文档中自动选择并高亮显示表面原子集。 选择表面原子集:表面原子集中的原子将在文档中被选中并高亮显示。只有当表面原子集不为空时,才会启用此按钮。 偶极矩:这个只读标签用德比斯语报告系统在垂直于表面的方向上的偶极矩分量。除非该值为零,否则不应运行表面计算。
表面能当需要进行表面能计算时,将使用这些设置。 计算表面能:选中此框可请求执行表面能计算。 体能:此对话框的“表面区域设置”部分中指定的表面区域的体能,单位为eV。
吸附能量当需要进行附着能量计算时,将使用这些设置。
计算附着能量:选中此框可请求执行附着能量计算。请注意,除非选中此框,否则附着能量部分中的按钮将不会启用。
将选定原子添加到AttachmentLayer集合:当前2D周期性原子文档中的所有选定原子都将添加到附着层原子集合中。然后,附件图层集,并因此在文档中高亮显示。只有当至少有一个选定的原子不在附着层集中时,才会启用此按钮。
注意:当设置两个区域时,其中一个可能在另一个内部,最好先设置较小的集合,因为在现有集合中选择原子可能很困难。
从AttachmentLayer集中删除选定原子:当前2D周期性原子文档中的所有选定原子都将从附件层集中删除。然后,将在文档中自动选择并高亮显示附着图层集。只有当至少一个选定原子位于附着层集中时,才会启用此按钮。
选择附着层集:将在文档中选择附着层集中的原子。
只有当附着图层集不为空时,才会启用此按钮。
帮助:在浏览器中显示帮助主题。
“选择GULP力场”对话框通过“选择GULP力场”对话框,可以从当前项目或本地和网络位置导入力场库。 从当前项目的下拉树视图中选择要导入的GULP力场库。然后,所选文件将显示在GULP计算对话框的设置选项卡上的力场下拉列表中。
注意:文档选择器将只显示GULP力场库文件(.lib)。 导入…:提供对文件浏览器的访问,使您能够导航到本地或网络位置并从中选择GULP力场库。所选文件将导入到当前项目中,并显示在GULP“计算”对话框的“设置”选项卡上的“力场”下拉列表中。 帮助:在浏览器中显示帮助主题。
GULP准备选项对话框“GULP准备选项”对话框允许您更改能量表达式准备策略,以便您可以构造满足模拟要求的能量表达式。
强制字段文件视图…:显示选定力场库的模态视图。 力场类型“力场类型”列表显示可用力场类型的名称和简要描述。单击列表的列标题以更改列中的排序。 自动计算:选中时,表示将在模拟开始时自动计算力场类型。默认值=选中。 有时,自动计算的力场类型是不合适的。可以使用分配按钮或性质资源管理器手动应用强制字段类型。然而,在正常情况下,不需要手动分配,对于大型系统来说,这可能是一项耗时的任务。 当自动分配失败时,有必要手动分配力场类型。在这种情况下,应首先取消选中“自动计算”复选框,然后选择适当的力场类型,最后按下“分配”按钮将力场类型应用于系统,以防止自动键入。 计算:计算选定分子片段的力场类型。这对于已经制备并随后扩展的系统是有用的,例如已经添加了一个或多个分子。只要没有与原始系统建立连接,就可以选择新的子结构,然后在不影响原始结构的情况下计算(或分配)力场类型。 列出所有力场类型:选中时,表示所有力场的类型都将显示在“力场类型”列表中。如果未选中,则仅列出适用于当前活动结构文档中系统的力场类型。默认值=选中。 分配:将“力场类型”列表中指定的力场应用于当前活动结构文档中的选定原子。 帮助:在浏览器中显示帮助主题。
GULP溶剂对话框通过“GULP溶剂”对话框,可以指定与溶剂模型关联的参数。 溶剂:从下拉列表中选择要用作计算溶剂环境的溶剂。可用选项包括: u 丙酮 u 乙腈苯四 u 氯化碳 u 氯苯 u 氯仿 u 环己烷 u 二乙醚 u 二甲基亚砜 u 乙醇 u 甲醇 u 二氯甲烷 u 正己烷 u 正十六烷 u 硝基苯 u 吡啶 u 水
当选择溶剂时,介电常数会自动更新为适当的值。
注意:如果介电常数参数设置为与所选溶剂指定的值不同的值,则溶剂显示为自定义。
介电常数:指定溶剂介电常数的值。当从溶剂下拉列表中选择溶剂时,此参数会自动更新为适当的值,但是,如果愿意,您可以输入自己的自定义值。
溶剂半径:指定用于溶剂分子的半径值(单位:Å)。
帮助:在浏览器中显示帮助主题。 |