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gmx_mmpbsa例子在这里，您可以找到可以使用 执行的几乎所有类型的计算和分析的表示 系统¶这是可以使用 gmx_MMPBSA 处理和分析的系统的表示。我们的程序有一个强大的方法来处理输入结构。即使您的系统未在此处展示，也请尝试一下，您不会失望的！😀
CHARMMff 支持¶本节更多地关注如何使用使用 CHARMM 力场准备的系统。为了更清楚起见，我们只展示了几个例子。 OPLSff支持¶本节更多地关注如何使用使用 OPLS 力场准备的系统。为了更清楚起见，我们只展示了几个例子。 分析¶本节重点介绍可以使用 gmx_MMPBSA 执行的分析。尽管每个示例都侧重于特定情况，但您可以使用 gmx_MMPBSA在特定系统的同一运行中执行多种类型的计算（例如GB、丙氨酸扫描和每个残基分解；PB、相互作用熵和每个残基分解）。
支持 psf_dcd 文件¶本节重点介绍如何使用 psf-dcd 文件。这些文件用于多个 MD 模拟程序，例如 NAMD、OpenMM 或 GENESIS。我们计划在不久的将来添加更多示例。 源文链接： https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/examples/ |