gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]] [-nice ]
[-ff ] [-[no]v] [-nexcl ] [-[no]H14] [-[no]alldih]
[-[no]remdih] [-[no]pairs] [-name ] [-[no]pbc] [-[no]pdbq]
[-[no]param] [-[no]round] [-kb ] [-kt ] [-kp ]
gmx x2top可以根据坐标文件生成原始的拓扑文件. 当根据原子名称和键的数目定义杂化状态时, 程序会假定所有的氢原子都出现在构型中. 这个程序也可以生成.rtp文件中的条目, 你可以将它们添加到力场目录下的.rtp数据库中.
当设置了-param选项的时候, 所有相互作用的平衡距离, 键角和力常数都会写入拓扑中的相应位置. 平衡距离和键角由输入坐标得到, 力常数根据命令行选项设定. 目前支持的力场主要有以下几类:
使用gmx x2top时需要一个对应的.n2t文件, 它位于力场库目录下, 名称为atomname2type.n2t. 该文件的格式在手册的第五章有详细介绍. 默认情况下, 力场的选择是交互式的, 但可以使用-ff选项在命令行中指定上面力场的简短名称. 在这种情况下, gmx x2top会到指定的力场目录下查找对应的文件.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.gro/.g96/...>] | conf.gro | 输入 | 结构文件: gro g96 pdb brk ent esp tpr tpb tpa |
-o [<.top>] | out.top | 输出, 可选 | 输出拓扑文件 |
-r [<.rtp>] | out.rtp | 输出, 可选 | pdb2gmx使用的残基类型文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-ff <string> | oplsaa | 模拟使用的力场, 默认OPLS-AA力场. 键入select以交互式的进行选择 |
-[no]v | no | 在top文件中输出详细的生成信息 |
-nexcl <int> | 3 | 相互作用排除数 |
-[no]H14 | yes | 对氢原子使用第3个近邻相互作用 |
-[no]alldih | no | 生成所有恰当二面角 |
-[no]remdih | no | 去除同一键上的不当二面角 |
-[no]pairs | yes | 在拓扑文件中输出1-4相互作用(原子对) |
-name <string> | ICE | 指定分子名称, 默认使用ICE |
-[no]pbc | yes | 使用周期性边界条件 |
-[no]pdbq | no | 使用.pdb文件提供的B因子作为原子电荷(前提是输入文件格式为.pdb) |
-[no]param | yes | 将参数输出到拓扑文件中 |
-[no]round | yes | 将测量值进行四舍五入 |
-kb <real> | 400000 | 键的力常数, 单位kJ/mol/nm^2^ |
-kt <real> | 400 | 键角的力常数, 单位kJ/mol/rad^2^ |
-kp <real> | 5 | 二面角的力常数, 单位kJ/mol/rad^2^ |
已知问题
补充说明
理论上只要能在对应的力场中找到构型中的各个原子类型, 那么gmx x2top可以支持所有GROMACS的力场. 当然输出的原始拓扑文件需要进行很多修改, 因此在使用此工具需要对拓扑文件足够熟悉.
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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