gmx view [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]
gmx view是GROMACS的轨迹查看器. 该程序可以读取一个轨迹文件, 运行输入文件和索引文件, 并在标准的X Windows屏幕上绘制分子的三维结构图. 此程序不需要高级的图形工作站, 它甚至可以在单色屏幕下工作.
此程序已经实现了以下功能: 3D视图, 旋转, 平移和缩放分子, 标记原子, 轨迹动画, 以PostScript格式复制, 在MIT-X(real X)下用户可自定义原子过滤器, 打开窗口和主题, 用户友好的菜单, 去除周期性的选项, 显示计算盒子的选项.
可以使用一些更常见的X命令行选项: -bg, -fg更改颜色; -font fontname更改字体.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
已知问题
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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