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gromacs命令-gmx vanhove: 计算Van Hove位移及相关函数(翻译: 刘恒江)

gmx vanhove [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
			[-om [<.xpm>]] [-or [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-nice ]
			[-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ]
			[-sqrt ] [-fm ] [-rmax ] [-rbin ]
			[-mmax ] [-nlevels ] [-nr ] [-fr ]
			[-rt ] [-ft ]

gmx vanhove用于计算Van Hove相关函数G(r,t), 它表示在0时刻处于r_0的粒子在t时刻位于r_0+r处的概率. gmx vanhove是以向量r的长度而不是r来确定G, 因此给出了粒子在时间t内移动距离r的概率. 计算时会移除对周期性边界的跨越, 并会对因各项同性或各项异性压力耦合导致缩放进行校正.

使用选项-om可输出整个矩阵与t和r的函数关系, 或与sqrt(t)和r的函数关系(选项-sqrt)

使用选项-or可输出一个或多个t值的Van Hove函数. 选项-nr用以设置时间数, 选项-fr设置时间之间的间隔. 分格宽度可用选项-rbin设置. 分格数目自动确定.

使用选项-ot可输出函数到某一距离(选项-rt指定)的积分与时间的函数关系.

对所有读入的帧, 所选粒子的坐标放于在内存中, 因此程序可能会占用大量内存. 使用选项-om-ot时程序可能会变得很慢, 这是因为计算标度为帧数与-fm-ft的乘积. 需要注意的是, 使用-dt选项可以减少内存使用量和计算时间.

输入/输出文件选项
选项默认值类型说明
-f [<.xtc/.trr/...>]traj.xtc输入轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.tpb/...>]topol.tpr输入结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>]index.ndx输入, 可选索引文件
-om [<.xpm>]vanhove.xpm输出, 可选X PixMap兼容矩阵文件
-or [<.xvg>]vanhove_r.xvg输出, 可选xvgr/xmgr文件
-ot [<.xvg>]vanhove_t.xvg输出, 可选xvgr/xmgr文件
控制选项
选项默认值说明
-nice19设置优先级
-b0从轨迹文件中读取的第一帧(ps)
-e0从轨迹文件中读取的最后一帧(ps)
-dt0只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔
-[no]wno查看输出.xvg, .xpm, .eps and .pdb文件
-xvg <enum>xmgracexvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none
-sqrt <real>0矩阵轴使用sqrt(t), 分格间距数以sqrt(ps)为单位
-fm <int>0矩阵中的帧数, 0表示输出所有帧
-rmax <real>2矩阵中最大r(nm)
-rbin <real>0.01矩阵和-or的分格宽度(nm)
-mmax <real>0矩阵的最大密度, 0表示使用计算值(1/nm)
-nlevels <int>81矩阵的水平数
-nr <int>1-or输出的曲线数目
-fr <int>0-or输出的帧间距
-rt <real>0-ot输出的积分上限(nm)
-ft <int>0-ot输出的帧数, 0表示使用所有帧


文章链接:GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin

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