gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-nice ]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ] [-na ]
[-da ] [-[no]com] [-r ] [-[no]z]
gmx trjorder可根据到参考组原子的最小距离或z坐标(-z选项)对分子排序. 使用距离进行排序时, 需要指定参考原子组以及分子组. 对轨迹中的每一帧, 所选分子会根据分子中编号为-da的原子与参考组中所有原子之间距离的最小值进行重排序. 通过将-da设定为0, 可使用分子的质心而不是参考原子. 轨迹中的所有原子都会写入输出轨迹.
对某些分析, gmx trjorder可能会有用, 例如分析离蛋白最近的n个水分子. 在这种情况下, 参考组为蛋白质, 分子组为所有水分子的原子. 当得到了前n个水分子的索引组后, 排序后的轨迹可使用任何GROMACS工具分析最近的n个水分子.
如果输出文件为.pdb文件, 到参考目标的距离会存放于B因子字段, 以便用于使用一些可视化程序加色, 如Rasmol
使用-nshell选项, 会输出参考组周围一定半径-r壳层内的分子数.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xtc/.trr/...>] | ordered.xtc | 输出, 可选 | 轨迹: xtc trr trj gro g96 pdb tng |
-nshell [<.xvg>] | nshell.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-na <int> | 3 | 分子中的原子个数 |
-da <int> | 1 | 计算距离时所用原子的编号, 0表示使用质心 |
-[no]com | no | 使用到参考组质心的距离 |
-r <real> | 0 | 当计算围绕蛋白等的壳层内的分子数时, 距离的截断值 |
-[no]z | no | 根据z坐标排序分子 |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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