gromacs命令-gmx xpm2ps: 将XPM(XPixelMap)矩阵转换为postscript或XPM(翻译: 黄丽红)

gmx xpm2ps [-f [<.xpm>]] [-f2 [<.xpm>]] [-di [<.m2p>]] [-do [<.m2p>]]
		   [-o [<.eps>]] [-xpm [<.xpm>]] [-nice ] [-[no]w] [-[no]frame]
		   [-title ] [-[no]yonce] [-legend ] [-diag ]
		   [-size ] [-bx ] [-by ] [-rainbow ]
		   [-gradient ] [-skip ] [-[no]zeroline]
		   [-legoffset ] [-combine ] [-cmin ] [-cmax ]

gmx xpm2ps能够将XPM(XPixelMap)矩阵文件转换为漂亮的颜色映射图. 只要提供了正确的矩阵格式, 还可以显示标签和坐标轴. 矩阵数据可以通过一些程序得到, 如gmx do_dssp, gmx rms或gmx mdmat.

可以选择性的使用-di选项提供.m2p文件, 里面包含了设定的参数, 并提供了合理的默认值. Y轴的默认设置与X轴相同. 字体名称的默认等级为: 标题字体 -> 图例字体; 标题字体 -> (x字体 -> y字体 -> y刻度字体) -> x刻度字体, 例如, 设置标题字体相当于设置了所有字体, 设置x轴字体相对于设置了y轴字体, y刻度字体和x刻度字体.

未提供.m2p文件时, 可以通过命令行选项设定多数设置. 其中最重要的选项是-size, 它以postscript的单位设定了整个矩阵的大小. 此选项也可以使用-bx和-by选项(以及.m2p文件中的相应参数)覆盖, 它们设定了单个矩阵元素的大小.

使用-f2选项可以提供第二个矩阵文件. 程序会同时读取两个矩阵文件, 并绘制出第一个矩阵(-f)的左上半部分与第二个矩阵(-f2)的右下半部分. 对角部分的值来自由-diag选项选择的矩阵文件. 将选项-diag设置为none可以不显示对角线上的值. 在这种情况下, 会生成一个新的颜色映射图, 其中红和蓝的渐变色分别代表负值和正值. 如果两个矩阵的颜色代码和图例标签完全相同, 那么只会显示一个图例说明, 否则会显示两个分开的图例说明. 使用-combine选项可以选择另外的操作, 以将矩阵进行组合. 输出值的范围会自动设置为组合矩阵的实际范围, 但可以使用-cmin和-cmax选项来覆盖所用的范围.

-title可设置为none以忽略标题, 或设置为ylabel以便在Y轴标签位置显示标题(平行于Y轴).

使用-rainbow选项可以将暗色的灰度矩阵变成更吸引人的彩色图片.

使用-xpm选项可以将溶合或彩虹映射的矩阵输出到XPixelMap文件.

输入/输出文件选项
选项	默认值	类型	说明
`-f [<.xpm>]`	root.xpm	输入	XPixMap兼容的矩阵文件
`-f2 [<.xpm>]`	root2.xpm	输入, 可选	X PixMap兼容的矩阵文件
`-di [<.m2p>]`	ps.m2p	输入, 可选, 库	`mat2ps`的输入文件
`-do [<.m2p>]`	out.m2p	输出, 可选	`mat2ps`的输入文件
`-o [<.eps>]`	plot.eps	输出, 可选	封装的PostScript(tm)文件
`-xpm [<.xpm>]`	root.xpm	输出, 可选	XPixMap兼容的矩阵文件

控制选项
选项	默认值	说明
`-nice <int>`	0	设置优先级
`-[no]w`	no	程序结束自动打开输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件
`-[no]frame`	yes	显示帧, 刻度, 标签, 标题, 图例
`-title <enum>`	top	显示标题的位置: top, once, ylabel, none
`-[no]yonce`	no	y轴标签只显示一次
`-legend <enum>`	both	显示图例说明: both, first, second, none
`-diag <enum>`	first	对角元素: first, second, none
`-size <real>`	400	矩阵的水平尺寸, ps单位
`-bx <real>`	0	元素的x大小, 覆盖`-size`选项(当未设置`-by`时还会覆盖y大小)
`-by <real>`	0	元素的y大小
`-rainbow <enum>`	no	彩虹颜色, 将白色转成为: no, blue, red
`-gradient <vector>`	0 0 0	将颜色映射重新标度为平滑的渐变, 从白色{1,1,1}到{r,g,b}
`-skip <int>`	1	每nr行和nr列输出一次
`-[no]zeroline`	no	在`.xpm`矩阵中坐标轴标签为零的位置插入一条线
`-legoffset <int>`	0	对图例, 忽略`.xpm`文件中的前N个颜色
`-combine <enum>`	halves	组合两个矩阵: halves, add, sub, mult, div
`-cmin <real>`	0	组合输出的最小值
`-cmax <real>`	0	组合输出的最大值

补充说明

The m2p file format contains input options for the xpm2ps program. All of these options are very easy to comprehend when you look at the PosScript(tm) output from xpm2ps.

; Command line options of xpm2ps override the parameters in this file
black&white              = no           ; Obsolete
titlefont                = Times-Roman  ; A PostScript Font
titlefontsize            = 20           ; Font size (pt)
legend                   = yes          ; Show the legend
legendfont               = Times-Roman  ; A PostScript Font
legendlabel              =              ; Used when there is none in the .xpm
legend2label             =              ; Used when merging two xpm's
legendfontsize           = 14           ; Font size (pt)
xbox                     = 2.0          ; x-size of a matrix element
ybox                     = 2.0          ; y-size of a matrix element
matrixspacing            = 20.0         ; Space between 2 matrices
xoffset                  = 0.0          ; Between matrix and bounding box
yoffset                  = 0.0          ; Between matrix and bounding box
x-major                  = 20           ; Major ticks on x axis every .. frames
x-minor                  = 5            ; Id. Minor ticks
x-firstmajor             = 0            ; First frame for major tick
x-majorat0               = no           ; Major tick at first frame
x-majorticklen           = 8.0          ; x-majorticklength
x-minorticklen           = 4.0          ; x-minorticklength
x-label                  =              ; Used when there is none in the .xpm
x-fontsize               = 16           ; Font size (pt)
x-font                   = Times-Roman  ; A PostScript Font
x-tickfontsize           = 10           ; Font size (pt)
x-tickfont               = Helvetica    ; A PostScript Font
y-major                  = 20
y-minor                  = 5
y-firstmajor             = 0
y-majorat0               = no
y-majorticklen           = 8.0
y-minorticklen           = 4.0
y-label                  =
y-fontsize               = 16
y-font                   = Times-Roman
y-tickfontsize           = 10
y-tickfont               = Helvetica

文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin

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